1.系统登录
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2.注册企业信息
申报流程分为4部分——1、“人员登记”（初次和员工发生变化时填写）；2、“填写报表”（每月申报时填写）；3、申报表报送及获取反馈；4、“网上缴款”。
以工薪所得为例，进行以下讲解：
1.基础设置
选择信息获取方式，并点击“下载”。工作电脑有网络则选择“网络下载”，没有网络则选择“介质导入”，介质包需到所属主管税务机关办税大厅获取。
2.人员登记
进入“金税三期个人所得税扣缴系统”界面，点击左侧向导栏的“人员登记”，人员登记可选择“添加”或者“导入”。
在之后的界面，点击“添加”，逐个录入员工信息。其中“姓名”、“证照类型”、“证照号码”等带*的“基本信息”为必填项。员工信息除手工添加外，也可点击“导入”。
3.报表填写
人员信息录入后，点击左侧功能菜单“报表填写”列表中的“扣缴个人所得税报告表”，出现如图所示；
根据不同所得项目选择不同报表点击填写，以最常用的“正常工资薪金”为例，点击“导入”-“生成零工资记录，用户手工修改”，点击“确定”。
4.申报表报送
本月所有所得项目填写完毕之后，点击左侧功能菜单的“申报表发送”，核对数据无误之后点击【发送申报】，稍后点击【获取反馈】，当您申报成功后，报表的申报状态会由“未申报”变更为“申报成功”。（注意：对于同一个单位，一个月只能进行一次正常申报。也就是说，如果您单位涉及多个项目的收入，需要填报完对应的所有申报表后，再进行申报表报送的操作。
5.网上缴款
如果单位当月有税款需要缴纳，请在申报成功之后，点击左侧功能菜单的“网上缴款”——“税款缴纳”进行缴款。
6.申报更正
申报成功后，如果发现申报数据有问题，出现多报税、少报税、漏报税等情况，可在系统中进行修改后重新申报。
