DNAMAN软件是一款专业的生物综合序列分析软件，DNAMAN使用Microsoft Windows的高级功能，并提供用于序列分析的多功能可视化工具。使用可帮助用户快速进行日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。DNAMAN的速度快，通用性强，精度和高质量的演示使它的一个基本工具，您可以使用DNAMAN检查两个寡核苷酸序列的互补性。 要执行此功能，第二个引物应通过选择引物|载入DNAMAN存储器 两个Primer互补命令。DNAMAN搜索两个引物之间的互补序列。 结果表明两个引物之间的连续和不连续的互补序列。本次小编带来的是DNAMAN最新破解版，含破解文件和详细的安装破解图文教程，需要的朋友不要错过了！
2019.1.210更新DNAMAN 10破解版
两个引物互补
您可以使用DNAMAN检查两个寡核苷酸序列的互补性。 要执行此功能，第二个引物应通过选择引物|载入DNAMAN存储器 两个Primer互补命令。
DNAMAN搜索两个引物之间的互补序列。 结果表明两个引物之间的连续和不连续的互补序列。
PCR引物设计
您可以使用DNAMAN选择满足您扩增模板DNA要求的PCR引物。 设计了许多参数来筛选PCR引物，例如PCR产物大小，引物长度，Tm，GC组成和盐浓度的范围。 其他参数用于排除“低质量”引物。
导入和导出记录
从文本文件导入记录
从文本文件导入寡核苷酸序列是将大量oligo记录添加到数据库的便捷工具。
DNAMAN将记录的信息列入七个字段：名称，来源，备注，长度，GC含量，熔解温度和序列。如果数据库中有大量记录，则可以使用前四个字段作为排序键，以便在“记录列表”框中选择性地显示记录。
导向不匹配
定向错配可以通过在突变附近的位点引入单次或双重错配来创建或去除当前DNA序列或其变体上的限制性位点。 使用此功能，您可以创建或破坏限制性位点，以区分野生型等位基因与常见突变体等位基因。
1、DNA和蛋白质序列编辑
2、DNA序列转化
3、多序列比对，对齐编辑和分析
4、系统树分析
5、DNA或蛋白质序列的点阵比较
6、DNA序列组装和编辑
7、BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索
8、序列和数据库中的增强型图案搜索
9、SiRNA选择器
10、限制分析
11、绘制序列图与出版品质
12、限制模式预测
13、电子克隆
14、从限制片段重建限制图
15、静音突变分析创建/破坏限制性位点
16、导向不匹配以创建/破坏限制站点
17、翻译和密码子使用分析
18、蛋白质疏水性/亲水性分析
19、蛋白质表征：等电点的序列组成和预测
20、蛋白质二级结构预测
21、反向翻译
22、PCR和测序引物的设计
23、表征DNA或引物序列的热力学性质
24、分歧分析
25、管理寡核苷酸，DNA和蛋白质数据库
26、生成随机序列
序列通道
DNAMAN使用序列通道将有效序列保存在计算机内存中。序列通道通过减少磁盘访问时间来提高分析效率。序列加载到序列通道后，您可以执行许多功能分析，如限制性分析，翻译分析，序列搜索和比较以及PCR引物设计。在DNAMAN中有20个通道，它们中的任何一个都可以被选作默认序列通道。默认顺序是您当前正在处理的顺序。单击序列通道栏上的数字将默认激活相应的通道。
DNA和蛋白质序列都可以加载到通道中。 DNAMAN检查序列的组成以确定其是DNA还是蛋白质片段。 DNA序列自动加载到通道中。蛋白质序列将被用户确认，而DNA序列则不会。如果序列类型未正确定义，您可以使用分析定义功能更改序列类型。信息/序列栏中可以显示默认频道中的序列。
菜单
DNAMAN有九个主菜单显示在屏幕上方。每个主菜单都有几个菜单，其中一些菜单有子菜单。执行功能的命令被描述为主菜单|菜单|子菜单。
例：
a）选择File | Open命令打开一个DNAMAN文件。
b）选择序列|加载顺序|从数据库命令将数据库中的序列记录加载到默认序列通道中。
工具栏
该工具栏设计用于最常用的菜单命令，并允许用户轻松访问它们。您可以使用Info |中的命令显示或隐藏工具栏查看工具栏菜单。
文件
在DNAMAN中有七种文档类型。
1）文本（序列）文件
序列文件是一般文本格式（文本文件）。文本文档显示在文本窗口中。 DNAMAN提供了一个用于序列编辑的标准文本编辑器。序列应保存为纯文本文件，并将“.seq”扩展名添加到文件名中。
2）限制地图文件
限制图用于保存DNA图（*。dmp）。 DNAMAN地图文件是二进制格式并存储限制地图对象。 DMP文件只能用DNAMAN打开和编辑。您也可以将DMP文件作为图形绘制对象复制到任何接受绘图的其他程序。
3）点矩阵文档
DNAMAN将二进制DMF文件中的点阵数据保存为无法作为文本文件打开。
4）多重对齐文件
DNAMAN以MSD（* .msd）格式保存多个序列文档。 MSD文件采用文本格式，并带有用于DNAMAN（MASED）的多重对齐编辑器的特殊关键字。您可以在MASED中加载MSD文件并执行多个序列分析。如有必要，您也可以在文本编辑器中打开MSD文件。
5）序列组装文件
序列组装文档以SAF格式（* .saf）保存。 SAF文件也是文本格式，带有用于DNAMAN序列组装编辑器的特殊关键字。装配编辑器用于编辑和可视化重叠群。如有必要，您也可以在文本编辑器中打开SAF文件。
6）跟踪文件文件
DNAMAN可用于查看和分析自动化DNA测序仪生成的色谱图文件，例如ABI系列PE BioSystem。 DNAMAN可以打开ABI和SCF文件，也可以将编辑好的序列保存到这些文件中。
7）系统发育树文件
DNAMAN以扩展名PTR保存文本格式的系统发育树文件。系统发育树文件可以作为文本打开或编辑。
状态栏
状态栏显示在DNAMAN窗口的底部。 要显示或隐藏状态栏，请使用视图菜单中的状态栏命令。
状态栏的左侧区域描述了使用箭头键浏览菜单时菜单项的操作。 此区域同样显示描述工具栏按钮按下时的动作的消息，然后释放它们。 如果在查看工具栏按钮命令的描述后，希望不执行该命令，则在指针离开工具栏按钮时释放鼠标按钮。
状态栏的右侧区域表示下列哪个键被锁定：
指标描述
CAP Caps Lock键锁定。
NUM Num Lock键被锁定。
SCRL Scroll Lock键锁定。
工具栏
工具栏显示在应用程序窗口的顶部，菜单栏下方。 该工具栏提供了对DNAMAN中使用的许多工具的快速鼠标访问，
要隐藏或显示工具栏，请单击视图菜单中的工具栏。
开始使用DNAMAN
了解DNAMAN
序列编辑
DNAMAN提供了一个文本编辑器来编辑序列文件。您可以添加或删除文件中的任何文本或序列。您也可以使用复制和粘贴功能来编辑文件。一些序列分析结果也显示为文本文件，因此可以使用编辑器编辑这些结果。当你打开一个序列文件时，序列可以直接加载到当前通道。如果自动加载选项关闭，分析功能不可立即使用。在分析之前，您必须手动将序列加载到通道中。
序列分析
您可以选择一个序列并对其进行多种分析。该序列必须加载到序列通道中。 DNAMAN提供了20个序列通道来保存内存中的活动序列。您可以同时分析和比较通道中的所有序列。您可以在分析过程中将一个序列切换到另一个序列，而不必回到磁盘文件。
序列比对和比较
您可以直接使用磁盘文件进行多重对齐和序列组装。没有必要将这些序列加载到通道。要执行这些任务，请在菜单栏上选择相应的命令，选择序列文件并填写适当的参数。 DNAMAN会记住这些分析中使用的文件。您可以重新分析这些序列而无需返回到磁盘文件。
快速启动DNAMAN
如果您第一次使用DNAMAN，您可以按照下面的说明进行操作。
要执行序列分析：
1）启动DNAMAN。序列文件示例会自动打开，您可以转到步骤3.否则，请选择Sequence |加载顺序|从序列文件菜单中。
2）从打开文件对话框中选择Example1.Seq文件。单击打开将Example1加载到序列通道1。
3）选择限制|限制分析菜单对Example1执行限制分析。
4）限制性分析后，选择蛋白质|翻译菜单将Example1翻译成氨基酸序列。
要绘制没有序列的限制图：
选择限制|绘制地图菜单。质粒图谱在限制图窗口中绘制。双击窗口以显示地图属性并进行修改。
提示：限制地图中的所有对象都可以通过拖放来移动。限制网站和文本对象在被选中时可以对齐。
DNAMAN提供了20个序列通道来保存内存中的活动序列。这些序列通道简化了多种功能分析，大大提高了作品的效率。面板窗口显示当前的工作顺序。您可以直接在面板中编辑序列。
信息交流
DNAMAN接受GenBank，GCG，CUSTAL，FASTA，PIR和GDE格式的序列文件。它可以导出GCG，CUSTAL，PIR和GDE格式的多个序列。
DNAMAN提供了一个用于序列编辑的文字处理器。使用这款文字处理软件，您可以将任何其他Windows软件的图表，图像和图形合并到您的文档中。
DNAMAN作为一个对象链接和嵌入（OLE）服务器来与其他软件交换限制映射的信息。利用OLE，您可以将限制映射合并到其他Windows应用程序中，并直接修改应用程序中的映射。
编辑
使用DNAMAN编辑文本文件与使用您最喜爱的文字处理器一样简单。使用DNAMAN的文字处理器，您可以编辑原始序列文件以及分析结果。
序列组成和转换
DNAMAN报道序列的组成和分子量。它执行序列到其反向，互补，反向互补，双链和RNA序列的转换。
BLAST文件
除了通过Web浏览器访问互联网外，DNAMAN还可以使用查询序列以BLAST文档格式准备文件，以便直接访问BLAST电子邮件服务器。目前有五种BLAST文档格式可用：Blastn，Blastx，Tblastx，Blastp和Tblastn。例子：
Internet / Intranet浏览器
DNAMAN提供了一个集成的Web浏览器来访问Internet或您的Intranet。
您可以从brwoser加载序列以进行直接分析。
您也可以使用Internet上的服务器。
序列搜索
搜索核苷酸序列
搜索共有序列
搜索开放阅读框
搜索重复序列
搜索氨基酸序列
搜索核苷酸序列
使用DNAMAN，您可以从DNA序列的一条或两条链上搜索核苷酸序列。在查询序列中允许空位和模糊核苷酸。您可以搜索目标序列上的查询序列列表。
DNAMAN立即以图形报告搜索结果。颜色和箭头表示不同的序列组和站点。您可以放大DNA片段的任何区域，并通过选择显示区域序列
搜索共有序列
使用DNAMAN，您可以从两条链或六个阅读框架的DNA序列中搜索DNA或蛋白质共有序列。 DNAMAN提供DNA和蛋白质共有序列的数据库。数据库是可扩展和可编辑的。您可以创建自定义共识序列数据库。
搜索开放阅读框
您可以从DNA序列的六个阅读框中搜索开放阅读框。搜索结果显示在文本列表中。 DNAMAN还提供了DNA序列上启动/终止密码子位置的图形视图。
搜索重复序列
你可以从DNA序列的两个立场中搜索直接重复和反向重复序列。您也可以搜索可能形成发夹/茎环结构的反向互补重复序列。
搜索氨基酸序列
您可以从DNA序列的六个阅读框中搜索氨基酸序列及其变体。 DNAMAN允许模糊的氨基酸以及查询序列中的许多错配。
限制分析
限制网站分析
限制图
限制模式图
电子克隆
构建限制图
无声的变异
定向不匹配
限制网站分析
您可以搜索DNA序列上的任何限制性位点。 DNAMAN提供两种限制酶文件;带有180个最常用限制酶的restrict.enz文件和含有1364个酶记录的dnamanre.enz文件。你也可以创建你自己的酶文件。所有的酶文件都是可编辑和可扩展的。
DNAMAN在刀具，末端，频率和甲基化敏感性方面提供定制的限制酶过滤器。用户可以将DNA分子定义为线性或圆形类型。
DNAMAN将限制分析结果报告在易于阅读的表格中。切割位点以酶的字母顺序显示，并且也以站点位置顺序显示。非切割酶也列出。另外，DNAMAN在DNA序列的顶部显示酶位点。
限制图
DNAMAN提供易于使用的工具来生成出版质量限制图。这些工具可以用来绘制有或没有DNA序列信息的线性或圆形限制图。您还可以绘制其他项目的地图，如PCR策略图，基因结构图等。
DNAMAN伴随着高质量的绘图程序LBDraw。使用LBDraw，您可以轻松制作具有许多限制图的复杂图表。
限制模式图
DNAMAN预测了凝胶电泳中限制酶消化的DNA片段的模式。您可以对多个序列进行单一酶消化，并在单个序列上进行单个或多个消化。当您点击这些片段时，DNAMAN显示限制片段的大小和结束信息。
电子克隆
DNA克隆是一个耗时且昂贵的过程。 DNAMAN提供了易于使用的工具来设计克隆策略并对目标序列进行评估分析。这一功能可以提高您在实验室克隆工作的效率。
DNAMAN模仿实际克隆过程的基本步骤：
原始载体和插入序列的限制性分析
从限制模式中选择载体和插入片段
验证DNA片段的最终兼容性
必要时修改片段
如有必要，插入连接器
生成最终的克隆序列
构建限制图
在没有DNA序列的情况下，DNAMAN可以帮助您重建限制性图谱。您必须在单消化和双消化中提供所有片段大小。 DNAMAN从限制性片段的信息中推导出可能的限制性图谱。
无声突变分析
沉默突变分析允许您设计DNA序列上所需的突变位点。该突变将导致限制性质的修饰而不改变编码氨基酸序列。该功能搜索潜在的突变位置以创建或破坏限制酶位点。
定向不匹配分析
定向错配分析使您可以通过在突变附近的位点合并单个或双个错配来创建或移除DNA序列或其突变体（变体）上的限制性位点。使用此功能，您可以创建或销毁限制性位点以区分野生型等位基因和常见突变等位基因。
序列组装
序列组装方法
序列组装编辑器
序列组装方法
DNAMAN使用快速比对算法快速准确地组装大量重叠序列。 DNAMAN可以自动调整每个片段的方向并去除载体序列。您可以设置灵敏度参数来控制重叠群中的空位和模糊序列。
序列组装编辑器
DNAMAN在三个窗口中显示序列组装项目：
图形窗口提供了装配结构的概述。您可以编辑此图形演示文稿以生成出版物的高质量图表。
名称列表窗口包含所有组装的序列名称。您可以通过在此窗口中移动序列名称来更改序列顺序。
序列窗口显示所有原始序列和共有序列。您可以编辑任何原始序列以改善序列组装的结果。
DNAMAN将汇编结果导出到文本窗口中。您可以选择仅报告共有序列，或包含共有序列和原始序列的所有序列。
序列同源性分析
点阵图
两个序列比对
点阵图
使用DNAMAN，您可以比较点阵图中的两个DNA序列或两个蛋白质序列。开发一种特定的算法来产生高质量的点阵图。用这种方法，可以在短时间内比较长的DNA序列和很少的背景噪音。您可以将基因组序列与DNAMAN的点阵图功能进行有效比较。
DNAMAN显示序列窗口中任何选定区域上的实际序列和它们的比对。
两个序列比对
DNAMAN使用快速或最佳算法来比对两个DNA或蛋白质序列。您可以选择控制对齐的灵敏度。 DNAMAN还允许您选择任何目标序列的区域进行比对。
对于DNA序列比对，您可以选择使用负链进行比较。对于蛋白质序列比对，DNAMAN可以在文本窗口中报告两个蛋白质序列的氨基酸相似性。氨基酸相似性矩阵可由用户编辑。
多序列比对
多序列比对方法
多序列比对编辑器
多个序列输入和输出
系统发育树
限制分析
疏水/亲水轮廓
二级结构预测
多序列比对方法
[子弹]算法
DNAMAN使用ClustalW算法（Feng-Doolittle和Thompson）进行Optimal Alignment，并使用全局比对算法（Wilbur和Lipman）进行快速比对。 DNAMAN中的三种最佳对齐方式提供了高质量的对齐结果。使用快速比对方法，您可以快速比对大量的DNA或蛋白质序列。
[Bullet]参数和方法
您可以设置不同的参数，以便为DNA或蛋白质序列进行适当的比对。
DNAMAN的多重对齐功能是线程化的。您最多可以同时运行16组多重对齐。您也可以在进行多重对齐时执行其他序列分析。
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多序列比对编辑器
DNAMAN提供了一个高性能的对齐编辑器。对齐的图形视图允许您快速移动到一个有趣的区域。您可以通过拖放序列名称来更改对齐列表的顺序。您还可以添加或删除空位插入，在空位内移动片段并截断对齐的序列。
您可以修改多个对齐序列的外观：
在颜色或块中显示相同的残基
显示共有序列
改变文字字体
多重对齐输入和输出
您可以从以下来源直接输入序列或多个比对配置文件进行比对：
基因库，
EMBL / Swiss Prot，
GCG / MSF，
CLUSTAL，
FASTA，
NBRF / PIR
GDE
多重对齐编辑器可以输出不同格式的对齐：GCG / MSF，CLUSTAL，NBRF / PIR和GDE。 DNAMAN的多重输入输出能力使其与主流序列分析软件兼容。
系统发育树
DNAMAN计算同源矩阵并建立所有序列对之间的相关距离。因此，DNAMAN可以输出多重比对的距离矩阵，并绘制系统发生树或同源树。您可以对系统发育树的置信度值进行引导测试。
限制分析
如果多重比对编辑器中的序列是DNA，则可以对这些序列进行限制性分析。该分析可用于比对DNA序列的限制性位点比较。
疏水/亲水型材
如果多重比对编辑器中的序列是蛋白质，您可以绘制所有序列的疏水或亲水谱以进行比较。
蛋白质二级结构预测
DNAMAN使用由King和Sternberg开发的DSC方法预测多种蛋白质序列的二级结构
引物分析
底漆设计
熔化温度预测
引物的互补性
错误分析
无声突变引物
定向错配引物
底漆设计
引物设计的功能不仅包括Tm的引物过滤，还包括引物的引物错配和限制性分析。 DNAMAN可以帮助您找到满足您需求的最佳引物。
DNAMAN允许您为最佳引物过滤设置多种对照标准，如目标DNA区域，PCR产物大小，引物特征，反应条件和引物配置。
您可以对引物进行限制性分析，以选择具有或不具有限制性位点的那些。
您可以使用引物错误分析来丢弃易于退火到目标DNA二级位点的引物。
熔化温度预测
DNAMAN计算和报告DNA-DNA杂交的热力学Tm，杂交Tm和GC + AT Tm。您也可以获得有关DNA-RNA和RNA-RNA杂交的Tm信息。这些Tm可以用于PCR引物以及杂交探针。
引物的互补性
引物互补性可能影响PCR引物或杂交探针的性能。 DNAMAN分析以下三种引物互补性。
自补
DNAMAN搜索自由能最低的引物的最可能的自我互补配置。
与目标DNA的互补性
DNAMAN搜索引物和目标DNA两个基因座之间的互补序列。
两个引物互补
DNAMAN搜索两个引物之间的互补序列。它报告连续和不连续的互补序列。
错误分析
通过错误引物分析，您可以搜索目标DNA序列上所有可能的引物退火位点。 DNAMAN允许您设置Score矩阵：完美匹配，不匹配和G-T匹配;位置权重矩阵，差距罚分和截止得分。该分析可以消除易于退火至辅助位点的PCR引物。
无声突变引物
沉默突变分析允许您设计DNA序列上所需的突变位点。该突变将导致限制性质的修饰而不改变编码氨基酸序列。该功能搜索潜在的突变位置以创建或破坏限制酶位点。您可以使用此功能设计引物，以在目标DNA序列上创建沉默寡核苷酸。
定向错配引物
定向错配分析允许您通过在突变附近的位点引入错配来创建或移除DNA序列或其突变体（变体）上的限制性位点。使用此功能，您可以设计PCR引物以创建或消除限制性位点，以区分野生型等位基因和常见突变等位基因。
翻译和蛋白质分析
翻译
遗传密码表
阅读框架概述
密码子使用分析
氨基酸组成
蛋白质疏水性和亲水性
蛋白质电荷和pI分析
蛋白质二级结构预测
反向翻译
翻译
DNAMAN从DNA序列的三个阅读框中推导蛋白质序列，并显示具有多种选项的结果。通过设置每行的氨基酸数量，您可以更改翻译文件的布局。
DNAMAN允许您从序列文件中选择任何区域，并执行翻译分析。在报告文件中，DNAMAN显示翻译和非翻译区域。
遗传密码表
DNAMAN提供了七个遗传密码表，可以添加新的代码表或编辑现有的代码表。您可以选择任何遗传密码表进行翻译和蛋白质分析。
阅读框架概述
DNAMAN提供了一个DNA序列的六个阅读框的图解概述。将ORF定位在大的DNA序列上是一个有用的功能。
密码子使用分析
DNAMAN为DNA序列的任何阅读框提供密码子使用表。该表指出了阅读框中使用的每个密码子的数量和频率。
氨基酸组成
DNAMAN报道了蛋白质序列的氨基酸组成，pI和分子量。
蛋白质疏水性和亲水性
DNAMAN在图形窗口中显示蛋白质疏水性和亲水性图谱，可帮助您预测蛋白质序列中的疏水性簇或抗原区。图形配置文件可编辑，以便为出版物生成高质量的插图。
蛋白质电荷和pI分析
DNAMAN在给定的pH下计算蛋白质电荷。它还显示蛋白质的预测等电点。另外，DNAMAN可以推导适合所需电荷的缓冲液pH值。
蛋白质二级结构预测
DNAMAN使用由King和Sternberg开发的DSC方法预测蛋白质序列的二级结构。
反向翻译
DNAMAN提供蛋白质序列的反向翻译。它报道了在不同位置具有模糊核苷酸的反向翻译的DNA序列。该特征可用于从肽序列简并引物。
数据库管理
Oligo数据库
DNA和蛋白质数据库
在DNA或蛋白质数据库中搜索
Oligo数据库
您可能有大量的寡核苷酸用于测序，印迹，PCR等实验...... DNAMAN提供了一种寡核苷酸数据库管理器，可以帮助您有效地组织和使用这些寡核苷酸。
为不同的项目创建寡核苷酸数据库时。 DNAMAN允许您为数据库的安全性附加密码。
任何寡核苷酸数据库都是可扩展的，所有记录都是可编辑的。
您可以在七个字段中提供每条记录的信息：名称，来源，备忘录，长度，GC含量，熔解温度和序列。
名称，来源，备忘录，长度可以用作排序键。
您可以从文本文件导入大量的寡核苷酸记录，或将任何记录导出到文本文件。
DNA和蛋白质数据库
DNAMAN数据库管理器用于收集和存储DNA和蛋白质序列。您可以创建或删除DNA或蛋白质数据库，并设置安全性来保护数据库。
DNAMAN有一个易于使用的数据库管理器。所有数据库都是可扩展的，所有记录都是可编辑的。您可以直接从文本文件，GCG和GenBank文件导入记录。与任何记录有关的信息显示在七个字段中：序列名称，定义，关键字，来源，参考，备忘录，编码区域。前四个字段可以用作排序键。
在DNA或蛋白质数据库中搜索
您可以通过扫描DNA数据库中的所有记录来搜索目标DNA的同源序列。该比较算法是快速对齐方法。
您可以从DNA数据库中的所有记录的两条链上搜索核苷酸序列。
您可以从蛋白质数据库的所有记录中搜索肽序列以及DNA数据库中所有记录的六个阅读框。
将待分析的序列装入Channel,点击要分析的Channel,然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框.
参数说明如下：
Results 分析结果显
