让自己自由！与您的软件进行交互式对话。SeeSAR通过跳出框框思考，支持您以最鼓舞人心的方式找到解决方案。你可以感觉到你的想法在快速计算和刺激的输入中进步。
SeeSAR为用户提供了一个强大的工具，可以快速筛选探索或填充靶结构结合腔的配体装饰或延伸。这种方法背后的超快速组件 FastGrow 使用一种新颖高效的算法和基于形状的方向描述符，在标准硬件上在几秒钟内筛选数十万个片段，以创建优化的建议。
SeeSAR可帮助您产生新的知识产权或消除分子中的问题。在我们的Spirator模式下实施的ReCore工具的支持下，SeeSAR在预处理的文库中搜索，即所谓的“索引”，以在选定的分子区域进行拟合替换。我们基于片段的先导物发现 （FBLD） 方法可在几秒钟内为核心更换、分子生长和片段链接提供建议。
共价结合模式可能具有许多优点，包括提高选择性和延长药理学持续时间。随着最近在SeeSAR中引入共价对接，您现在拥有一切来探索和发现结合位点中任何合适残基的共价结合剂。 在合作努力中，我们已将多个化合物供应商库翻译成方便、随时可对接的 SeeSAR 格式。因此，可以共价停靠30多个弹头，并评估其绑定模式。
重要说明：由于目前 SeeSAR 表中的条目限制为 50，000 个，我们建议对大型库进行预过滤（例如使用 KNIME）。我们提供 10k 随机选择的化合物的“预告集”，弹头针对 CYS 残留物。任何库都可以按目标残留物、弹头、MW 等进行过滤。
使用说明
1、可能是绊脚石
对于主要部分，SeeSAR应该是非常无缝且易于使用的。以下是我们看到用户被激怒的几个地方：
SeeSAR提供的一些功能引导用户进入特定模式。实际上，这应该有助于将特定于模式的操作与更一般的操作分开，并在理解了机制后使用户的生活更轻松。模式的示例是编辑器或绑定站点定义。进入模式后，您会注意到主菜单（左上角）更改为特定于模式的菜单。也可能发生其他变化。例如，当进入编辑器模式时，分子表被编辑器表替换，这使您可以轻松跟踪所有已编辑的化合物。
最重要的是：您需要离开任何模式才能返回主菜单和所有常规功能（在模式下可能无法访问）。
SeeSAR中的数据分为两个主要表格Proteins Table and Molecules Table。令人困惑的一点是蛋白质表也含有分子。这些是在所选蛋白质中发现的结合配体。这两个表之间的一个主要区别是蛋白质表中的每个配体具有其自身的结合位点，而分子表中的所有分子（高达50,000）具有一个共同的，用户定义的结合位点。如果您只是想要目测检查结合的配体，您只需留在蛋白质表中。但是，如果你想与分子“一起工作” - 例如加载更多，编辑化合物或生成姿势 - 您需要先将它们放入分子表中。在绝大多数情况下，您将蛋白质配体复制到分子表中。您可以通过以下方式实现：（1）在蛋白质表中选择目标配体; （2）打开配体菜单;然后（第三）点击分子图标。
如前所述，分子表中的分子需要定义共同的结合位点。最常见的方法是在蛋白质配体的基础上进行。为方便起见，我们实现了以下快捷方式：（1）在Proteins Table中选择感兴趣的配体; （2）打开配体菜单;然后（第三）点击定义绑定站点图标。完成后，进入绑定站点定义模式（参见上文），预先选择所需的绑定站点（如您所见，绑定站点以粉红色突出显示）。您现在要做的就是离开模式并在出路时确认您选择的绑定站点。
2、隐藏的功能
快速测量：
在启用测量时（在实用程序中或通过点击并按住键盘上的'd键），一旦选择了要测量的起点，您可以简单地将鼠标悬停在其他对象上以查看它们的距离起点。
旋转中心:
右键单击旋转时，右键单击特定原子使此原子成为旋转中心。
移动标签:
通常，标签会受到影响，您可以单击并按住标签并将其拖动到其他位置。
上传SDF数据:
当您从SDF加载分子并且它们包含属性字段中的信息时，您可以在表格中显示它们。检查表头最右端的visible-columns按钮。
突出相互作用的蛋白质原子:
HYDE原子得分由围绕它的半透明球体的大小和颜色表示。当您将标签切换到这样的原子时，您将获得原子分数的详细信息。标签内部有一个眼睛图标。如果你点击它，你会看到蛋白质原子有助于得分。
命令行启动:
作为一个快速入门，您可以从命令行启动SeeSAR，如下所示：
seesar.com --protein <pdb-file> --ligand <sd-file>
这将打开GUI，蛋白质和文件中的化合物已经加载。通过列出更多命令行选项
seesar.com - help
编辑热键:
单击选择任何原子或键并在键盘上键入c，n，o，s，p，f，i，1,2,3以更改元素（分别为键）类型。
编辑器上下文菜单:
右键单击任何原子或键以获取add atom（resp。更改键类型）函数作为上下文菜单。
编辑分子名称:
双击“名称”列中的任何单元格以启用编辑。 [enter]保存并完成编辑，而[esc]取消并恢复旧名称。
导出到Excel:
将分子表保存到文件后，您可以选择.sdf和.xlsx，后者将2D图像与所有相关属性一起导出。
绑定站点定义:
有多种方法可以定义共同的结合位点（需要使用分子表），最快的方法是使用结合配体。只需在相应的上下文菜单上单击一下即可完成任务。
从/到剪贴板复制:
在分子表中，[ctrl] + c将当前选择的分子复制到剪贴板，[ctrl] + v将任何分子从剪贴板粘贴到分子表中。这可能是从你最喜欢的drwaing程序中获取化合物到SeeSAR的最快方法，反之亦然。请注意，此技巧在其他表中不起作用，SDF，MOL，MOL2，SMILES以及PDB是唯一受支持的分子格式。
在2D中编辑:
在编辑器（以及Inspirator）中，2D中当前加载的分子的显示是“实时图像”。您可以进行选择并且热键可以正常工作。通过klick-and-drag，您可以进行“套索式选择”。
常见问题
1、SeeSAR可以处理共价结合剂吗？
哎呀！从SeeSAR版本3.3开始，它也可以在共价结合剂的情况下帮助您。它评估了基于HYDE评分方法的结合亲和力，就像非共价结合的配体一样，除了总评分（总亲和力，由共价b...
2、SeeSAR在命令行中运行吗？
在某些情况下，您可能希望在命令行模式下运行SeeSAR。在OSX和Linux下，命令％SeeSAR--help告诉你如何（cp。下面）。在Windows下没有终端输出是可能的，所以现在你需要使用这个列表：％SeeSAR--help-h[--help]这个帮助信息......
3、我该如何绘制评估结构？
自从发布SeeSAR2.0以来，您可以导入使用2D外部编辑器绘制的结构，然后将其放入活动站点。请按照以下简单步骤：将2D结构保存为SDF（或MOL）文件。在SeeSAR中，加载蛋白质。必须存在配体才能确定......
4、SeeSAR如何计算LE和LLE以及边界是什么？
SeeSAR可以计算LE和LLE。前者根据LE=deltaG/N计算，其中N是重原子数。后者根据LLE=pKi-logP计算，其中pKi是根据HYDE评估获得的deltaG值计算的，logP是根据实际计算的...
5、SeeSAR如何处理水分子？
水分子在SeeSAR中自动处理。每当水分子形成至少三种相互作用，即（IA至蛋白质）+（IA至配体）≥3时，HYDE评分函数明确地考虑并显示在活性位点中，除非它与活性位点发生冲突。作为...
6、SeeSAR亲和力范围如何扩展？
一些用户询问了SeeSAR中的亲和度量表。绘制亲和度范围的标度是对数的。这意味着（除其他外）500nM不在nM区域的中间。你可以在这里看到一个读取值的指导线：我们添加1.5个对数单位来标记你...
7、我无法在表格旁边的列表中看到我的Optibrium属性。我有他们的执照，他们在哪里？
如果您看不到Optibrium的特性，请查看您的SeeSAR路径。如果存在任何非ASCII字符，则不会显示属性。重命名路径或将SeeSAR移动到仅包含ASCII字符的路径。
8、SeeSAR与2012年发布的HYDE有何不同？
首先，HYDE的实施是最新的，遵循最新的软件设计策略，使其更加稳定，可维护并适合未来的发展。对用户来说最值得注意的是它现在并行运行。其次，我们修复了无数的小错误和故障......
9、我的SeeSAR许可证没有更新
按照以下步骤手动输入许可证文件：单击右下角的左/右图标;将插入一些其他选项。单击键图标以打开许可证管理界面。现在您可以选择许可证文件或将其拖放到此窗口中。如果许可证......
10、Mac/OSX上的SeeSAR无法启动;图标不断跳跃。我该如何解决这个问题？
这是与安全检查相关的行为，仅在AppleOSX下的某些配置上发生;它可以使用命令行命令手动覆盖，如下所示：请启动实用程序终端输入以下命令（我们假设您已安装在/Application...中
11、SeeSAR似乎在编辑期间冻结-为什么？
原因可能是你添加了一个原子，它有多个关于它位置的可能选项。例如。如果你在末端碳上添加一个双键氧（=O），你可以选择两个选项（在一个带有末端碳的平面和它的下一个邻居中，一个在180度的另一个...
12、HYDE得分的奇怪差异
问题：HYDE得分存在差异，我是否离开编辑器并查看化合物，或者在编辑过程中是否单击表中的化合物。这是为什么？回答：只要化合物保存到表中，它就会根据HYDEFF进行优化。有两个......
13、改变蛋白质成分可见度的按钮不起作用。哪里不对？
有时，“更改绑定站点组件的可见性”将为空。当尚未选择活动站点时就是这种情况。为此，从表中选择一种化合物，然后单击右下角的“使用所选分子定义结合位点”。
