TBtools是一款功能强大的整合了各种HTS-的数据处理工具与用户友好的界面工具包。现在已经进入了大数据时代，如果还在使用传统的编程和命令行环境的数据分析已经非常的过时了，白白浪费大量宝贵的时间，TBtools这款好用的生物信息学工具将带来全新的改变，它集合了各种生物数据处理工具，界面简单直观，功能丰富，不管是批量序列处理和交互式数据可视化，还是进行各种常规的批量序列提取、基因集富集分析、维恩图制备、热图插图、比较序列可视化等都非常的快速，提高工作效率，降低工作难度，并且更加的精确，有需要的朋友不要错过了！
安装破解教程
1、在本站下载并解压，双击TBtools_windows-x64_0_665.exe运行，稍等一会儿
2、点击浏览选择软件安装路径
3、安装中，稍等一会儿
4、安装完成，点击finish退出向导
软件介绍
高通量测序（HTS）技术的快速发展使生物学进入了“大数据”时代。使用各种生物信息学软件或管道依赖于编程和命令行环境的数据分析对于大多数湿实验室生物学家来说是具有挑战性和耗时的。具有用户友好界面的生物信息学工具是首选。在这里，我们介绍TBtools（生物学家集成各种生物数据处理工具的工具包），这是一个具有用户友好界面的独立软件。它具有强大的数据处理引擎，可用于批量序列处理和交互式数据可视化。它包括大量的功能，可以促进生物数据的简单，常规但精心的工作，如批量序列提取，基因集富集分析，维恩图制备，可用性和实现：TBtools是一个独立于平台的软件，可以在Java Runtime Environment 1.6或更高版本的所有操作系统下运行。
使用帮助
一、开始使用TBtools
对于用户从jar文件启动TBtools，有两种方法：
1）双击jar文件; 如果它不起作用，请尝试下一步。
2）打开终端（Windows下的CMD或Powershell，Mac或Linux下的Shell / Bash）; 类型
java -Xmx2G -jar PathtoTBtools.jar
Windows下的命令示例
对于已从exe文件安装TBtools的Windows用户，双击TBtools图标，将弹出TBtools的主面板。
在TBtools的主面板中，有一个主菜单和几个按钮：
1）单击“版本”以检查当前TBtools是否为最新版本。
2）单击“引用”以获取TBtools的引用方法。
二、关键功能的使用
批量序列提取
1、去吧：
主菜单 - >序列工具包 - > Fasta工具 - >惊人的Fasta提取器
2、输入：
Fasta格式的目标序列文件（参考https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA），例如
>Unigene1 high expressing gene
ACGATCAGCTCAGCGACGATCGACTAGCTACGATCAGCTAGCTACGATCGACTAGCTAGCTACGA
ACGATCAGCTCAGCGACGATCGACTAGCTACGATCAGCTA
>Unigene2 low expressing gene
ACTCAGCTCAGCGACGATCAGCTCAGCGACGATCGACTAGCTACGACGACTAGCTACGA……
….
3、一组基因标识符或区域，例如
##### Lines prefixed with # will be ignored
##### Examples for One Gene ###########
Unigene_1
Unigene_2
### ChrID StartPos EndPos
Chr_1 100000 102000
### GeneID ChrID StartPos EndPos #########
FinalGeneID Chr_1 100000 120000
4、输出：
用户指定的完整序列或序列区域
5、详细用法：
1）在文本字段中拖动目标序列文件，或单击“...”按钮进行设置
2）单击“初始化”按钮以构建FA索引（如果索引已经构建，TBtools将跳过它）
3）设置输出文件的路径
4）设置一组ID或序列区域
5）单击“开始”
可选的。如果用户选择“Just Show Dialog”，用户可以直接从对话框中获取提取的序列。在这种情况下，不需要设置输出文件。
三、根据基因结构注释文件从基因组中提取序列（.gff3 / gtf）
1、去吧：
主菜单栏 - >序列工具包 - > Gff3 / GTF操纵器 - > Gtf / Gff3序列提取器
2、输入：
1）Fasta格式的基因组靶序列集
2）gff3 / gtf格式的相应基因结构注释文件（参考https://en.wikipedia.org/wiki/General_feature_format）
3、输出：
存储用户特定特征序列的文件（CDS，外显子，mRNA，基因，UTR，启动子等）
详细用法：
1.设置gff3 / gtf文件
2.单击“初始化”按钮，TBtools将提供可供用户选择的功能
选择目标功能，例如“CDS”
选择一个ID以对特定功能的序列段进行分组，例如“父”
5.设置基因组序列文件
6.设置输出文件
*。可选的。如果用户想要从特定特征上游或下游提取序列，例如从CDS上游2000bp（通常称为“启动子区域”），则用户需要在相应的文本字段中输入“2000”。
