mega7是一款功能强大的进化树软件，先进且用户友好的软件套件，用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据。非常适合生物学家和科研人员轻松进行进化分析和分子鉴定，功能齐全，界面简单直观，新版本带来了更多的功能和改善，增加了了向导式系统，用于识别树中的基因复制事件。并且重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树。Timetree系统用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间（Tamura等人，2012）等等，本次小编带来最新64位版本，有需要的朋友不要错过了!
安装破解教程
1、在本站下载并解压，双击MEGA7.0.14_win64_setup.exe运行，如图所示，选择软件安装路径
2、如图所示，勾选创建快捷方式，将
通过允许收集匿名使用数据来帮助改进MEGA选项勾选掉，点击next
3、安装中，稍等一会儿
4、安装完成，点击finish退出向导
软件特色
一、序列分析
系统发育推论
型号选择
约会和时钟
祖传国家
选择和测试
序列比对
二、统计方法
最大似然
距离方法
普通最小二乘
最大的简约
复合似然
贝叶斯
三、强大的视觉工具
对齐/跟踪编辑器
树探索者
数据探索者
传奇发电机
基因复制向导
时间树向导
版本7新功能
1、针对64位处理器体系结构的优化源代码。 MEGA现在可以使用许多GB的内存（取决于可用的硬件资源和操作系统），而MEGA以前只能使用<4GB的RAM。 （注意*** MEGA7和未来的版本不会分发给32位架构）。
2、添加了向导式系统，用于识别树中的基因复制事件。此外，如果提供物种树，将使用Zmasek和Eddy（2001）的算法识别物种形成事件。
3、重新考虑树资源管理器，以便可以显示多达100k类群的树。这取决于可用的内存和图形处理资源。
4、重新考虑Timetree系统，用于估计系统发育中所有分支点的相对和绝对发散时间（Tamura等人，2012），以使用更直观的向导式界面。
5、更新了Tree Explorer，以显示推断树中所有内部节点的数据覆盖率。数据覆盖值可用于识别树中的有问题的节点，由于数据覆盖不充分，其分支长度估计可能不可靠。
6、Timetree系统现在要求所有时间段都使用outgroup进行植根。用户界面已更新为两种方法，用于指定outgroup（通过Tree Explorer或通过Taxa / Groups对话框）。
7、添加了其他图像格式以导出树图像。
8、已删除对ImageMagick的依赖。
9、Caption Expert系统已更新，因此可以将标题停靠在Tree Explorer窗口中。
10、由于64位处理器体系结构的重构，版本7还引入了向后不兼容性
11、在以前版本的MEGA中创建的会话文件（* .mas，*。mts，* mdsx）无法在MEGA7中打开，也不会在未来版本的MEGA中受支持。以前版本的MEGA可从中下载
使用帮助
一、MEGA用户模式
MEGA可以与图形用户界面（对数据和结果的可视化探索有用）或命令行界面（对批处理或脚本执行有用）一起使用。
图形用户界面（GUI）以两种模式之一运行。第一种模式是分析模式，其中启用了MEGA中的所有GUI工具，并且可视化结果资源管理器可用于编辑序列比对和查看系统发育等任务。这是大多数MEGA用户熟悉的模式。第二种模式是Prototype模式，它仅用于生成MEGA Analysis Options（.mao）文件，这些文件在从命令shell使用MEGA时指定分析设置
通过打开命令shell并执行megacc命令来访问MEGA的命令行界面。 megacc命令需要几个选项，包括.mao文件的路径和输入要分析的数据文件的路径
1、对齐序列（使用GUI）
MEGA使用ClustalW和MUSCLE程序支持序列比对。
对齐（或细化）在Analysis Explorer中完成（对齐 - >从主菜单打开对齐资源管理器）。
我们要么可以从空白对齐开始（如果我们从NCBI导入序列，或者没有兼容的序列文件），要么从兼容的序列文件开始。
使用Alignment Explorer（AE）中的序列，我们从菜单中选择Alignment，然后选择ClustalW或Muscle。
将对齐参数设置为您希望的值，或单独保留选项以使用默认值。单击“计算/确定”。
根据序列的长度和数量，您可能会在对齐运行时看到进度条。
对齐的序列将替换Alignment Explorer中以前未对齐的序列。您现在可以将它们导出为MEGA或Fasta格式进行分析。
2、运行分析（使用GUI）
（注意：在进行分析之前，必须对齐序列。）
从主窗口的顶部工具栏中选择要运行的分析。
您将看到此分析的选项列表。您只能更改在白框中绘制的选项。单击“计算”。
根据分析的长度，您可能会在分析运行时看到进度条。
您的输出将显示为树，矩阵，文本等。
在大多数结果中，可以选择保存分析。这通常位于结果窗口的“文件”或“数据”菜单中。
3、从命令外壳执行分析
使用MEGA的命令行界面时，所有计算都以相同的方式启动。
在MEGA主窗体中，单击Prototype按钮，然后指定将用于分析的输入数据的类型。
从主窗口的顶部工具栏中选择要运行的分析。
显示选项对话框时，选择所需选项或使用默认选项。单击“保存设置”将选项保存到.mao文件。
在命令shell中，使用.mao文件执行megacc命令，并输入数据文件作为参数。
二、分析和原型模式
MEGA图形用户界面（GUI）可以根据需要以两种不同的模式运行。名为Analyze的第一种模式是MEGA用户习惯使用的完整GUI。在此模式下，将启用用于分析数据和探索结果的所有可视化工具。如果您想要构建系统发育并在树查看器中查看系统发育，则这是您要使用的模式。
名为Prototype的第二种模式仅用于生成与MEGA命令行界面（MEGA-CC）一起使用的MEGA分析选项（.mao）文件。在此模式下，将禁用所有数据/结果可视化工具。仅启用分析菜单和选项对话框。如果要从命令shell运行MEGA，这是您在访问GUI时将使用的模式。以前的MEGA-CC用户请注意：新MEGA GUI的Prototype模式取代了以前与MEGA-CC一起使用的MEGA-Proto应用程序。有关如何通过命令shell使用MEGA的示例，请参见此处。
要在Analyze和Prototype模式之间切换，请单击主MEGA窗口右下角的相应按钮。
如果切换到Prototype模式，当提示输入将要使用的数据类型时，请从下拉列表中选择;
之后，您可以通过单击相应的顶部工具栏按钮来选择要执行的分析以及选项。
三、在课堂上使用MEGA
由于MEGA在交互式框架中包含许多用于分子进化研究的统计方法，因此对于课堂教学具有指导意义。如果您有兴趣在课堂（或通用计算实验室）中使用MEGA，则没有任何限制。您的学生可以从www.megasoftware.net网站下载副本，也可以在公共计算领域（如计算实验室）的多台计算机上安装副本。但是，如果您想以任何其他形式使用MEGA，请通过电子邮件（s.kumar@temple.edu）与作者联系。
如果您在课堂教学中使用MEGA，请通过电子邮件将以下信息发送给我们（s.kumar@temple.edu）。 （1）您的姓名，职位和机构，（2）课程编号和职称，（3）学生人数，（4）课程学期和年份。
*** Windows系统管理员的注意事项***如果需要执行MEGA的批量安装，可以使用/ SILENT / VERYSILENT标志从批处理脚本或命令行运行安装程序。然后将使用默认选项安装MEGA。例如：
MEGAX_10.0.0_win64_setup.exe / SILENT / VERYSILENT
