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小分子药物研发套件 Schrodinger Suites 2022-4激活版

  • 软件大小:未知
  • 更新日期:2022-12-31
  • 官方网站:https://www.schrodinger.com/
  • 软件等级:★★★☆☆
  • 运行环境:Winxp/Win7/Win8/Win10
小分子药物研发套件 Schrodinger Suites 2022-4激活版
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Schrodinger Suites 2022破解版是完整的分子模拟、药物设计套件!具有先进的分子建模技术,带来全新的药物发现和材料研究分析评估流程!具有强大的预测建模、数据分析和协作功能,轻松实现药物的研发和设计,进行快速的分析、验证和计算等操作,即可高效精确的评估模拟分析,不及数量,旨在以最少的投入在最短的时间发现获取更高质量的分析,比传统的方法更快,成功率更高,风险更小!此外,Schrodinger Suites使用Maestro图形用户界面,快速准备结构并进行优化,一次安装,搞定多个产品,Schrodinger Suites 2022破解版本下载,替换破解文件即可,有需要的朋友不要错过了!

安装激活教程

1、在本站下载并解压,如图所示
2、安装软件,双击setup.exe运行安装程序,选择软件安装位置
3、选择要安装的产品

4、点击start开始安装

5、安装完成,退出向导

6、将Schrodinger2020-3文件夹复制到安装目录中,点击替换目标中的文件,默认路径C:\Program Files\Schrodinger2020-3

功能特色

一、药物发现
我们的药物发现平台已被全球生物制药行业广泛部署,并通过合作伙伴在各种目标上的成功验证。
Schrödinger平台将基于预测性物理的方法与机器学习技术相集成,以加快药物发现。我们的迭代过程旨在在合成和测定之前加速对硅化学物质的评估和优化。然后,通过额外的计算分析循环,进一步优化来自每一轮实验项目化学过程中最有希望的化合物。
结果:与传统方法相比,我们的平台能够更快,更低成本地发现高质量,新颖的分子,并且我们相信成功的可能性更高。
1、更快的潜在顾客发现
通过虚拟筛选超大型分子库的解决方案,以及基于物理学的分子中心核的替代方法,可以快速识别适合启动铅和铅优化工作的有效分子的能力,以鉴定图书馆馆藏中不存在的新颖,高效分子。
2、准确的属性预测
使用基于物理学的计算来评估类药物分子关键特性的能力,其准确性可与实验实验室测定相媲美,从而有助于优化药物特性,包括药物效价,选择性和生物利用度。
3、大规模分子探索
计算构思和探索新颖的,高质量的类药物分子的能力,供发现项目团队考虑,这些对象使用经过计算和构造并生成合成上可行的分子的计算枚举和生成式机器学习技术进行研究。
4、大规模分子评估
通过将下一代机器学习方法与基于物理的物理方法相集成,可以将关键药物特性的计算扩展到超过十亿个分子的超大型想法集,从而能够更快速,成功地鉴定高质量的候选药物分子技术,以及内部和云计算资源的大规模利用。
5、集成数据管理和可视化
通过功能强大且用户友好的图形界面,可以生成,访问和分析从与分析数据集成的复杂计算中获得的数据。
二、材料科学
分子模拟可以帮助您在开始合成和测试之前确定最有希望的结构和组成,从而加快新材料的开发。
我们的平台可推动各种行业的新型材料设计,包括航空航天,能源,半导体和电子显示器。
我们相信我们的平台:
扩大对化学空间的探索并提出意想不到的解决方案
告知材料选择,并根据已知系统对候选人进行严格评估
通过快速确定非生产性研究途径来降低成本
通过优先考虑最有前途的解决方案来节省综合和分析时间
提供深入了解决定性能的机制和结构属性关系
开辟材料设计的新领域。
1、催化和反应性
增强了用于生成材料的催化剂和反应性前体的计算机设计。
我们的平台旨在支持模拟,优化和发现有效,高效和选择性的催化剂和反应体系。我们授权对催化剂和反应性前体进行计算机设计,以提高或区分不同的反应性来创建材料。您还可以使用我们的平台阐明反应坐标的详细信息,以了解观察到的活性,选择性和特异性。我们的工具包括差异化的模型构建器,高效的DFT引擎,Jaguar,基于DFT的自动化反应性工作流程以及分析工具。
2、复杂的配方和解决方案
为复杂且不断发展的结构实现优化和效率。
复杂且不断发展的结构(通常处于流体状态)在制药,消费品,塑料,复合材料和石化行业的许多工业过程中都发挥着至关重要的作用。我们的材料科学平台提供经过验证的工作流程和专家支持,以使研究人员通过严格关注以正确的方式选择和组合正确的成分来优化其最终产品的性能。工作流可用于确定弹性常数(例如,体积模量,剪切模量等),玻璃化转变温度(Tg),扩散常数,熔点和溶解度参数。另外,原子模型和粗粒度模型允许表征否则为无序体系统中的分子相互作用和纳米级结构。
3、能量收集与存储
增强的原子建模功能可实现准确的预测。
我们的平台可对电池,燃料电池和储氢材料进行原子建模。我们的工具基于量子力学原理,能够高度准确地预测关键特性,包括离子迁移率,插层电势和电池电极的负载能力,电极-电解质界面处的添加剂化学,催化活性和降解过程。分子动力学模拟可以分析弹性和热物理性质以及有机和固体电解质中的离子迁移率。增强的结构建立和枚举功能以及高性能算法,可以对关键设备组件及其接口进行计算机发现和优化。、
4、机器学习与信息学
基于Web的协作界面可成功预测材料属性。
我们的材料科学平台与我们行业领先的信息学平台LiveDesign无缝集成,以提供用户友好的企业信息学解决方案。我们结合了传统和深度机器学习技术,以高精度预测材料特性,例如玻璃化转变温度,表面张力,热容量等,并在指定的化学空间内生成具有所需特性的新型从头材料解决方案。即使不是计算专家的团队成员也可以使用复杂的科学建模,强大的分析,绘图和3D可视化工具。基于Web的协作界面还可以通过自定义的提取,转换和加载(ETL)直观地筛选公司数据。
5、有机电子
通过自动化的工作流程和高通量计算来预测关键属性。
Schrödinger的平台旨在支持设计高质量的下一代有机电子材料。我们基于物理的模型和机器学习算法旨在帮助解决在设计用于显示,能源和可穿戴设备的新材料方面的重大挑战。Schrödinger的平台可以高度准确地预测当今有机发光二极管(OLED),有机光伏(OPV)和印刷/柔性电子产品中使用的分子材料的关键特性。我们的方法能够以较低的成本更快地发现新分子,并且与传统方法相比,我们相信成功的可能性更高。
6、聚合物和软物质
用于发现新型聚合物和流体材料的模型构建者,适应性强的工作流程和分析工具。
化学反应性,物理形态和聚合物物理学驱动着聚合物和软材料的行为。我们的材料科学平台可提供差异化的模型构建器,高效的MD引擎,自动化的热物理和机械响应工作流,化学适应性交联工作流以及用于仿真,优化和发现新型聚合物和流体材料的分析工具。
7、固体和硬物质
高度准确地检查无机材料中的体积和表面性能。
我们的平台利用量子力学来预测无机材料的体积和表面性质,包括能带结构,机械,介电,磁性和热力学性质。此外,还可以进行分析以创建组成相图并检查材料缺陷以及表面降解和反应性。
8、薄膜沉积和半导体
使用分子模拟的受控制导和省时的解决方案。
从太阳能电池板到智能手机芯片,当今大多数高科技设备的运行都依赖于精确形成的结构中的特定材料。在微米或什至纳米级上制造这些结构是巨大的挑战。化学反应必须加以控制,以便在需要的地方添加或去除材料,有时一次要精确到一个原子层。分子模拟旨在通过指导用户了解沉积和蚀刻化学并实现表面化学反应的逐原子控制来实现这种控制。Schrödinger率先提供了节省时间的解决方案,用于模拟表面反应性和设计新型化学品。

Schrodinger Suites 2020-3新功能

一、Maestro图形界面
1、使用Ligand Designer [2020-3]快速轻松地执行手动或引导导线优化
·通过自动预测蛋白质-配体的复杂几何形状来“设计方式”
二维白板式设计
没有蛋白质的3D设计配体
通过简单的蛋白质相互作用视图设计3D配体
蛋白质全3D设计
·叠加信息对设计至关重要
查看可用于配体生长的结合袋区域
查看蛋白质配体相互作用,包括冲突
查看蛋白质和配体表面
查看由WaterMap确定的可替换和可置换水位
识别适合普通药物化学反应的配体键
·引导式工作流程可加快设计速度
生物甾体替代
等排扫描
更换或置换水位
形成其他蛋白质-配体相互作用
环化配体
杂交配体(合并R-基团)
文件中的码头配体
·使用自定义的R-group库和属性过滤器为您的项目量身定制化学
·通过基于属性的雷达图(MW,logP,HBA,HBD,PSA)快速评估分子的适用性。从PT添加用户属性。
·发送喜爱的设计,以便通过与FEP +的相似性进行等级排序,在LiveDesign中进行后处理和发布,或者发送到Excel
·窥镜全息显示器的渲染性能更快[2020-3]
设定影片
·调整2D叠加层的大小[2020-3]
·允许在蛋白质膜界面选择残基[2020-3]
·3D Builder:从序列中构建DNA和RNA链[2020-3]
二、多序列查看器
现代化设计,新代码,新功能
·从Maestro的主“窗口”菜单或“任务”菜单中快速访问MSV。通过直观,易于导航的界面改善了用户体验,该界面的设计类似于Maestro 11 [2020-3]
支持序列比对和比较,以及用于设置比对方法和调整参数的选项[2020-3]
执行成对序列比对
执行多序列比对
生成成对比较矩阵:根据相似性,同一性或保守性比较整个序列或选定的列
·分层显示各种来源的信息,以增强对序列之间差异或相似性的解释[2020-3]
引入全局注释
按属性应用着色
查看属性指标
快速准确地注释抗体CDR环
可以计算丰富的内置序列描述符,并将值显示在序列旁边的指标列中。
通过这些属性可以灵活地上传用户生成的描述符和颜色序列。
·同源性建模:带有复选标记的指导性逐步结构预测工作流,指示已完成的步骤[2020-3]
查找同系物(BLAST)
支持多种类型的模型
简单模型:一个目标,一个模板
嵌合模型:一个目标,多个模板
批处理模型:多个目标,一个模板
多链模型:同聚和异聚
·在工作区中与3D结构的平滑集成[2020-3]
轻松链接和取消链接序列到结构
根据整个序列比对或结合位点比对比对结构
一键式切换拆分和组合链表示形式
按结构性质的颜色顺序
将序列颜色应用于工作空间结构,反之亦然
三、OPLS3e力场
默认情况下使用的Schrodinger-ANI选项可加快拟合速度,可通过FFB GUI [2020-3]获得
四、FEP +
1、FEP +小组[2020-3]
集成ForceField Builder + FEP工作流程
使用QuickView循环浏览边的贴图/热点区域数据
能够清除所有/选定的实验数据
UX改进以显示Core SMARTS
消除冗余的SMARTS模式
突出显示与核心SMARTS匹配的节点
GUI支持更改Lambda窗口数
2、ABFEP小组[2020-3]
支持多配体输入
Web服务支持
五、分子动力学
卸下Desmond CPU [2020-3]
六、混合溶剂MD(MxMD)
包括与每个热点匹配的探针结构[2020-3]
七、共价配体对接
在优化步骤[2020-3]中应用用户定义的约束
支持原子名称中包含'的附着原子(即核酸)[2020-3]
八、配体对接
结合使用机器学习和Glide对接测试版,将Active Learning Glide应用于数十亿个化合物的超大型图书馆的对接[2020-3]
九、宏周期
(可选)通过输入文件为宏环化脚本提供输入[2020-3]
生成融合蛋白肽接头设计,ADC接头以及具有能力连接断开分子的融合二聚体配体(仅命令行)[2020-3]
十、诱导对接
IFD-MD速度提高了约5倍,而不会影响精度[2020-3]
十一、药理模型
简化create_hypoConsensus脚本的应用程序,该脚本现在可以读取* .phypo格式[2020-3]
十二、配体对准
通过允许参考配体进行搜索来改进参考配体的规格[2020-3]
修复了多个错误(例如,回溯,作业启动失败)[2020-3]
基于flex_align的作业生成的默认遵循者的默认数量较少,以加快计算速度[2020-3]
添加工具提示[2020-3]
澄清高级选项规范[2020-3]
十三、枚举
通过包含描述和名称来改进名称的反应搜索[2020-3]
十四、化学信息学
通过Canvas指纹或属性创建和应用Kohonen自组织地图-测试版[2020-3]
创建并应用单独的分类和连续QSAR模型,完全控制所应用的功能和机器学习-beta [2020-3]
使用kPLS,MLR,PCR,Bayes或递归分区机器学习技术创建并做出预测
使用各种Canvas指纹,原子和分子描述符或用户提供的描述符来创建机器学习模型
可视化来自kPLS模型预测的原子贡献
自动或手动创建测试/训练集拆分
十五、基于经验和基于质量管理的pKa预测
允许在Jaguar pKa中进行常规和自定义的OPLS3e力场进行构象搜索[2020-3]
十六、QM / MM(QSite)
QSite现在支持OPLS3e力场[2020-3]
十七、量子力学
莫斯鲍尔光谱[2020-3]
在将VCD光谱与Spectrum_align.py [2020-3]对准时,可以选择使用鲁棒峰
计算在一定压力范围内的热化学性质[2020-3]
环链互变异构体现在可以在AutoConf.py工作流程中生成并评分[2020-3]
.cosmo文件用于COSMO-RS计算[2020-3]
从命令行启动的批处理计算现在可以选择输出并分组失败的子作业,以简化其进一步处理[2020-3]
十八、结合位点表征
通过新的激酶_conservation_analysis.py脚本执行激酶结合位点残基保守性分析[2020-3]
返回独特的残基对,可优化小分子的选择性
原子水平特性标注了在整个基因家族中最独特的残基对
十九、蛋白质同源性建模
从命令行[2020-3]支持增强对所有Prime优化作业(循环预测,侧链预测,结合位点优化等)中的最小化参数的控制
二十、低温电磁
使用PHENIX / OPLS3e自动进行约束权重扫描,以确定理想权重[2020-3]
PHENIX / OPLS3e-改进稳定性,支持多coformer,支持编写PDB文件[2020-3]
二十一、工作流程和流水线
1、支持最新版本的KNIME(v4.2,但包括v4.1.3)[2020-3]
2、作为LiveDesign模型节点上传[2020-3]
将任何LiveReport列作为输入的通用协议
可以将药理学假说添加到LiveReport中
在计算模型下的指定文件夹中创建模型
协议和模型可以通过python脚本上传
避免KNIME版本不兼容的选项
3、滑行配体对接节点中可以使用任何命令行选项[2020-3]

使用帮助

一、创建项目并导入结构
在会话开始时,将文件路径更改为在Maestro中选择的工作目录,以使文件导航更加容易。Maestro中的每个会话都以默认的暂存项目开始,该项目不会保存。Maestro项目存储您的所有数据,并具有.prj扩展名。一个项目可能包含许多与导入的结构相对应的条目,以及与建模有关的任务的输出。创建项目后,每次进行更改都会自动保存该项目。
可以直接从PDB导入结构,也可以使用“文件”>“导入结构”从工作目录导入结构,然后将其添加到“条目列表”和“项目表”中。条目列表位于工作区的左侧。如果要查看项目数据的展开视图,可以通过Ctrl+T(Cmd+T)或“窗口”>“项目表”打开“项目表”。
双击Maestro图标
(没有图标?请参阅启动Maestro)
转到文件>更改工作目录,找到您的目录,然后单击选择
转到帮助>教程
在过滤器旁边,键入A化学家的
选择化学家的大师指南
单击浏览并选择目录
点击复制
教程文件将复制到您选择的目录中
点击关闭
转到文件>将项目另存为
将文件名更改为Maestro11_chemist
点击保存
该项目现在命名为Maestro11_chemist.prj
转到文件>导入结构
选择1fjs_prep_lig.mae,4tvg.pdb,4tvh.pdb,4z4x.pdb,LigandMCMM.mae
点击打开
结构在条目列表中
二、复制和修改分子
Maestro 11采用“先选择”范式,其中必须先选择对象然后再对其执行操作。在本节中,我们将介绍将分子复制到Maestro 11界面和从中复制出来的不同方法。然后,我们将工作区的图像保存到您的工作目录中。最后,我们将对现有的配体进行修改。有关选择和包含结构之间的区别,请参阅术语表。
复制和粘贴结构
在工作区中包含1fjs_prep_lig
在快速选择下,单击L
配体突出显示
转到编辑>复制
准备将配体的SMILES字符串粘贴到外部文档中
转到“编辑”>“选择性粘贴”>“通过放置”
出现横幅
在工作区中单击
配体的副本粘贴到工作区中
单击X关闭横幅
粘贴功能停止
在快速选择下,单击清除选择
键入Z以使结构适合工作区
右键单击空白工作区
选择“字幕和突出显示”>“添加字幕”
将打开“新标题”面板
在工作区标题下,键入配体
点击确定
标题出现在工作区中
右键单击标题,然后选择“删除”
单击工作区>将图像另存为
将打开“保存图像”面板
单击选项>>展开图像详细信息
检查透明背景和300 DPI
将文件名更改为1fjs_ligands
点击保存
工作区的.png图像已保存到您的工作目录中
注意:如果在工作区中高亮显示了一个项目,则随选择保存的图像会突出显示
注意:转到“任务”>“浏览”>“工作区和项目表操作”以获取更多选项,例如“光线跟踪”以获取高质量图像
创建一个新条目
在工作空间中包括LigandMCMM
在快速选择下,单击L
配体突出显示
点击构建
3D Builder面板打开
注意:可通过在面板名称上单击并拖动来移动3D Builder面板
注意:将鼠标悬停在3D Builder中的按钮上可以查看有关其功能的工具提示
选择将所选原子复制到新条目
出现横幅
将条目标题更改为corporate_copy,然后单击检查
在条目列表中创建一个新的条目配体_副本
在工作区中包含corporate_copy
使用单击并拖动以选择哌啶基
注意:如果在触控板/PyMOL模式下,请按住Shift并单击并拖动以在工作区中选择项目
在3D Builder中,单击“删除选定的原子”
在末端碳上单击氢
注意:在工作区中选择项目时,请使用预测突出显示来提供帮助
在3D Builder中,单击“添加片段”
将打开“片段”窗格
选择环戊二烯
环戊二烯片段代替所选氢附加到分子上
在附加的片段旁边,单击“编辑片段”四行图标
选择更改连接点
可能的连接点突出显示
单击sp3碳
新的连接点标有绿色的对勾
注意:将鼠标悬停在sp3碳上将允许您选择要设置为连接的氢位置
三、图纸结构
在本节中,我们将探索以2D和3D形式绘制分子的方法。我们将使用2D草绘器来修改现有条目并创建新片段。然后,我们将使用3D Builder的Draw功能制作一个条目的副本,以用作创建新分子的模板。最后,将在2D草绘器中制作的片段添加到3D工作区中的分子中,并使新结构最小化。
二维创建结构
在工作区中包含corporate_copy
右键单击2D叠加层,然后选择“在2D草绘器中查看”
2D工作区-2D草绘器打开
选择N并单击两个羟基
它们的羟基变成胺
单击更新条目
配体在工作区中更新
工作区以线表示形式呈现
注意:也可以通过选择连接点并在3D Builder面板打开的情况下使用Shift+N来执行这些修改。
双击预设
配体呈现为球棒状
转到工作区>清除工作区
注意:您也可以右键单击空的工作区,然后选择“清除工作区”
转到“编辑”>“2D草绘器”
2D工作区-2D草绘器打开
在2D工作区-2D草绘器中,单击苯,然后在2D工作区中单击
单击“绘制”,然后单击苯碳以在环上添加键
单击F并单击甲基
注意:Ctrl+Z(Cmd-Z)将撤消之前的步骤
单击绘图并添加一个炔丙基基团
单击清理以固定结合角
单击另存为新并将输入条目标题更改为片段
点击确定
标题片段的新条目将保存到条目列表中
片段以3D形式显示在工作区中
右键单击炔键
选择减少债券定单
炔烃现在是烯烃
在快速选择下,单击全部
片段突出显示
键入Ctrl+M(Cmd-M)以最小化选择
片段被最小化
注意:也可以在3D Builder或“收藏夹”工具栏中或“编辑”>“最小化”中访问最小化选定原子。
在3D中创建结构
右键单击条目列表中的corporate_copy
选择“复制”>“就地”
双击新的corporate_copy条目,并将标题更改为配体1
在工作空间中包含配体1
在3D Builder中,单击“绘制”
绘制结构横幅打开
光标是一支铅笔
在“绘制结构”横幅中选中“最小化”
在苯胺旁边,单击并拖动三下以绘制环丙烷
抽出时最小化环丙烷
注意:如果在触控板/PyMOL模式下,请按住Shift并单击并拖动以绘制键
单击环丙烷碳并拖动以将其连接到配体1上的苯胺碳上
具有新键的苯碳可能是非平面的
完整结构将在以后最小化,更正此错误
在绘图结构中,单击擦除
点击苯胺氮
在“绘制”横幅中,单击“确定”。
在条目列表中按住Shift键并单击以在工作区中包含片段以及配体
双击选择所有片段
在3D Builder中,单击“移动”
将打开“移动原子”横幅
粉色圆圈定义了选择的移动中心
右键单击并拖动以将片段移近配体1的环丙烷
在“移动”横幅中,单击“确定”。
单击空的工作区以清除片段选择
注意:也可以通过右键单击选择来访问移动原子
在3D Builder中,单击“绘制”并将烯烃连接到苯
出现创建债券窗口
注意:如果使用触控板/PyMOL模式,请按住Shift并单击以绘制键
点击确定
名为“配体1+片段”的新条目已添加到条目列表中
在绘图结构中,单击确定
在快速选择下,选择L
配体1+片段突出显示
单击最小化3D Builder中的选定原子
配体1+片段最小化
苯碳是平面的
单击预设
配体1+片段在球和棒中重新渲染
下载地址
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