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ThermoSientific AMIRA/AVIZO 3D 2022.2 x64

  • 软件大小:未知
  • 更新日期:2023-01-09
  • 官方网站:https://www.thermofisher.com/
  • 软件等级:★★★☆☆
  • 运行环境:Winxp/Win7/Win8/Win10
ThermoSientific AMIRA/AVIZO 3D 2022.2 x64
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Thermo Sientific Amira 软件对成像数据进行分析和可视化能更好地理解材料结构、特性和性能。无论使用何种规模和数据模态以及组织概况(大型工业公司、核心成像设施、国家或地方服务实验室、学术机构)如何,Thermo Scientific Avizo 软件都能提供优化的工作流程用于单一环境下的材料表征和质量控制。Avizo 软件是通用、可靠、全自动且可定制的数字分析实验室。材料科学家和工程师可以加快创新、获得更可靠、性能更好的材料和工艺,同时降低研发成本并减少获得结果的时间。Avizo提供了大量的数据类型和模块,允许您可视化、分析和建模各种3D数据。Avizo框架非常适合将来自多个来源的数据集成到单个环境中。破解版下载,有需要的朋友不要错过了!

安装激活教程

1、在本站下载并解压,如图所示

2、安装Thermo Scientific Amira-Avizo3D 2022.2,管理员身份运行,勾选我接受协议

3、安装目录

4、根据提示继续安装,完成后,复制NLM中的Thermo Scientific Amira-Avizo3D 2022.2文件夹,并替换为C:\Program Files
5、转到C:\Program Files\Thermo Scientific Amira-Avizo3D 2022.2\share\license\FLEXnet 。运行 lmtools,config services选择服务名称,配置你的lmgrd/license/debug.log路径,应位于同一位置C:\Program Files\Thermo Scientific Amira-Avizo3D 2022.2\share\license\FLEXnet。同时选择使用use services/start server,点击save service
6、打开start/stop/reread选项卡,并启动服务。
7、运行Thermo Scientific License Manager,单击activate licenses License server add as name localhost并保存。。或创建系统环境用户变量:ASGLMD_LICENSE_FILE=27000@localhost
8、现在运行产品!!!

功能特色

1、数据导入
Avizo可以直接加载不同类型的数据,包括:
2D和3D图像和体积数据
几何模型,如点集、线集、曲面、网格
数值模拟数据
时间序列和动画
Avizo或通过特定的可选阅读器支持大量文件格式。
2、查看、导航、交互
所有可视化技术都可以任意组合以生成单个场景。此外,可以在多个查看器窗口或公共查看器窗口中同时可视化多个数据集。因此,您可以在单个或多个查看器窗口中显示单个或多个数据集,并在这些对象周围或之间自由导航。视图可以同步以方便比较。
内置的空间变换编辑器可以轻松注册彼此相关的数据集或处理不同的坐标系。还可以自动对齐和配准图像或几何数据。
通过与3D场景的直接交互,您可以快速控制感兴趣区域、切片、探针等。
对于简单或复杂的任务,可以通过最少的用户交互来定义数据集、表示和处理特征的组合。
3、3D图像数据的可视化
切片和剪切
您可以查看单个或多个正交或倾斜部分快速浏览3D图像。数据集可以叠加在切片上,显示为高度字段或等值线轮廓。您可以剪切部分数据以发现隐藏区域。也可提供弯曲或圆柱形切片。
体积渲染:
可视化3D图像数据最直观、最强大的技术之一是直接体积渲染。发光和光吸收参数分配给体积的每个点。通过模拟光通过体积的传输,可以从任何视图方向显示数据,而无需构建中间多边形模型。通过利用现代图形硬件,Avizo能够实时执行直接体积渲染,即使在使用Avizo XLVolume扩展时对非常大的数据也是如此。因此,体积渲染可以立即突出显示数据的相关功能。体积渲染图像可以与任何类型的多边形显示相结合。这大大提高了该技术的实用性。此外,多个数据集可以同时进行体积渲染-这是Avizo的独特功能。具有直接体积渲染所需的不同特性的传递函数可以自动生成,也可以使用直观的色彩图编辑器进行交互编辑。Avizo体积渲染可以使用最新技术实现高质量的可视化效果,例如光照或阴影。
等值面:
等值面最常用于分析在离散网格上采样的任意标量场。应用于3D图像,该方法提供了一种非常快速但有时足够的方法来重建多边形表面模型。除了标准算法外,Avizo还提供了一种改进的方法,该方法生成的三角形明显更少,计算开销非常小。通过这种方式,即使在较小的台式图形计算机上,也可以交互式显示大型3D数据集。
大容量数据:
借助Avizo XLVolume扩展,即使是无法完全加载到内存中的非常大的数据集也可以以交互速度进行操作。多分辨率技术可以管理和可视化高达数百GB的极大量数据。例如,您可以快速选择一个感兴趣的区域,并提取下采样或部分数据以进行进一步处理。
4、图像处理
图像切片的对齐:
图像对齐切片使您能够使用手动或自动工具构建一致的图像堆栈,例如,如果在图像采集过程中物理横截面发生了偏移。
图像过滤器:
通过应用各种过滤器来控制对比度、平滑、降噪和特征增强,可以增强图像特征。请参阅“有关图像过滤的更多信息”一节。
图像分割:
分割意味着为图像体素分配标签,以识别和分离3D图像中的对象。Avizo提供大量分割工具,从纯手动到全自动:画笔(绘画)、套索(轮廓)、魔杖(区域生长)、阈值、智能剪刀、轮廓拟合(蛇)、轮廓插值和外推、包裹、平滑和去噪滤波器、用于侵蚀、膨胀、打开和关闭操作的形态过滤器、连接组件分析、图像相关、对象分离和过滤、等。有关使用Avizo进行图像分割的教程,请参阅“3D图像分割”部分。
图像量化和分析:
Avizo提供了用于探测图像数据、提取配置文件、值或相关直方图的工具。它可以从分割图像中提取信息,例如面积,体积,强度统计。Avizo 3D Pro提供了一套广泛的图像量化和分析工具。
5、模型重建
曲面生成:
分割3D图像体积中有趣的特征后,Avizo就能够创建相应的多边形表面模型。如果存在三个或更多区域连接的位置,则表面可能具有非流形拓扑。即使在这种情况下,多边形曲面模型也能保证拓扑正确,即没有自相交。分割期间自动生成的小数权重允许系统生成可选的平滑边界界面。通过这种方式,即使基础图像数据分辨率低或包含严重的噪声伪影,也可以获得逼真的高质量模型。利用创新的加速技术,可以非常快速地进行表面重建。此外,该算法稳健且故障安全。
曲面简化、编辑、网格重新划分:
表面简化是Avizo的另一个突出特点。它可用于根据用户定义的值减少任意曲面模型中的三角形数量。因此,可以生成适合在低端机器上处理的有限元网格模型。底层简化算法是最复杂的算法之一。它能够保持拓扑正确性,即避免通常由其他方法产生的自交。此外,根据有限元分析中常见的措施,可以控制所得网格的质量。例如,可以抑制具有长边的三角形或纵横比不良的三角形。
曲面编辑器还可用于平滑或细化整个或部分曲面、切割和复制部分曲面、定义边界条件以进行进一步的数值模拟、检查和修改曲面三角形。
表面路径集可以交互方式创建-例如作为测地线等值线,编辑并用于切割曲面片。表面路径也可以通过相交表面获得,
Avizo 3D Pro和Avizo XWind扩展版还提供了功能强大的Remesh曲面模块,可用于生成高质量的曲面。
生成四面体网格:
Avizo不仅允许您从数据生成表面模型,还可以创建适用于高级3D有限元模拟的真正体积四面体网格。这些网格是使用灵活的前进前算法构建的。同样,要特别注意获得高质量的网格,即避免纵横比不良的四面体。支持几种不同的文件格式,因此网格可以导出到许多标准仿真包中。
点云/散射数据:
Avizo还可以从散点重建曲面(请参见Delaunay三角测量和点环绕三角测量模块)。
骨架化;
包括一组工具,用于根据3D图像数据重建和分析树枝状、多孔或断裂网络。
6、3D模型和数值数据的可视化
点集、线集:
Avizo可以可视化3D点云集或线集上给出的任意功能数据。
多边形模型:
无论是从图像数据生成还是从CAD或模拟包导入,许多绘图样式和着色方案都有助于生成有意义且信息丰富的多边形模型可视化。表面和3D网格网格可以着色或纹理,以便可视化第二个独立数据集。
另一个Avizo功能包括渲染半透明表面的逼真视图相关方式。通过将透明度与表面相对于观察方向的局部方向相关联,可以更容易地理解复杂的空间结构。
数值数据后处理:
Avizo允许您分析来自测量或模拟的数值数据。Avizo支持多边形表面,例如三角形网格、具有均匀、直线曲线坐标的3D晶格以及3D四面体或六面体网格。可以应用大多数通用的图像可视化技术和分析工具,例如:切片提取,等值线或等值面的计算,数据探测和直方图。此外,标量可以在网格本身上使用伪颜色可视化。
除了可视化之外,还可以将等值面、网格切割或等值线等数据表示提取为第一类数据对象。
位移矢量可以在网格上可视化,也可以应用为可以动画化的网格变形。Avizo XWind扩展为数值数据导入/导出、可视化和分析提供了广泛的附加支持。
流程可视化:
Avizo为矢量场和流量可视化提供了许多高级工具。矢量箭头可以在切片上、体积内或表面上绘制。流结构可以通过诸如切片或任意表面上的快速线积分卷积、照明和动画流线、流带、流表面、粒子动画、合成矢量探针等表示更好地揭示......所有这些流可视化技术都是高度互动的。虽然可以自动计算种子点分布,但您也可以选择并以交互方式操作种子点和结构,从而支持流场调查和突出显示不同特征。Avizo还可以支持六分量复矢量场和相位可视化,例如电磁场。
Avizo XWind扩展为流程和CFD后处理提供了广泛的支持。
张量数据:
Avizo支持张量场的标志性可视化、特征值的提取、应变张量速率的计算和梯度张量。
Avizo XWind扩展可以从仿真结果(包括各种张量)中计算许多二级变量。
7、一般数据处理和数据分析
多个数据集的3D配准:
可以组合多个数据集以比较不同物体的图像,或在不同时间或不同成像模式(如X射线CT和MRI)记录的物体图像。此外,可以通过任意算术运算进行多模态数据的融合,以增加模型中的信息量和准确性。Avizo允许通过交互式机械手手动配准,通过地标自动刚性或非刚性配准,以及使用迭代优化算法进行自动配准(请参阅套准图像模块)。
还可以使用刚性或非刚性变换、地标集翘曲、中心或主轴对齐或距离最小化算法来注册曲面。
对3D数据进行操作:
许多实用程序可用于数据处理。以下是一些重要的。重采样可以降低或放大常规网格上定义的3D图像或数据集的分辨率,并且支持不同的采样内核。可以裁剪数据或定义感兴趣区域。数据可以转换为任何受支持的基元类型,从字节到64位浮点数。可以组合或分解多通道图像或矢量数据等多分量数据。可以使用标量场梯度或矢量场卷曲等标准3D场运算符。还可以计算表面曲率和表面之间的距离,作为标量或矢量信息。强大的算术模块允许用户使用用户定义的表达式对数据集执行计算,并可用于在规则网格和多面体网格之间插值数据。也可以从算术表达式创建数据集。
测量、量化:
您可以在通过鼠标单击以交互方式指定的任意位置或沿用户定义的直线和样条曲线查询数据集的确切值。探测点可用于设置交互式等值面。您可以使用电子表格或绘图应用程序绘制或导出数据以进行进一步处理,探测、测量、计数和其他统计模块可量化密度、距离、面积、体积、平均值和标准偏差。
可以计算和绘制值的直方图,可能仅限于感兴趣的区域。
Avizo 3D Pro可针对图像或标签数据提供广泛的强度和几何测量,无论是针对单个标记颗粒还是作为统计数据。
8、MATLAB集成
您可以使用The Mathworks,Inc.的MATLAB软件通过Calculus MATLAB模块集成复杂的微积分。此模块提供从Avizo会话到MATLAB服务器的连接,并直接对Avizo数据执行MATLAB计算。还可以在Avizo之间导入和导出MATLAB矩阵,并将Avizo表面导出到MATLAB表面。
9、MATLAB集成
您可以使用The Mathworks,Inc.的MATLAB软件通过Calculus MATLAB模块集成复杂的微积分。此模块提供从Avizo会话到MATLAB服务器的连接,并直接对Avizo数据执行MATLAB计算。还可以在Avizo之间导入和导出MATLAB矩阵,并将Avizo表面导出到MATLAB表面。
10、自动化、自定义、可扩展性
蟒蛇脚本:
大多数 Avizo 组件都可以通过 Python 脚本接口进行控制。Python 脚本允许高级用户使用 Avizo 自动执行或自定义常规工作流程的任务,而无需C++编程。带有用户界面的自定义 Avizo 模块甚至可以创建为 Python 脚本。可以使用 Python 自定义 Avizo 模块行为和 3D 交互。
请参阅“Python 文档”一章,包括对 Python 脚本语言的简短介绍。
Tcl 脚本:
所有 Avizo 组件都可以通过 Tcl 命令语言界面进行控制。Tcl 脚本用于保存您的工作会话。Tcl 脚本还允许高级用户使用 Avizo 自动执行或自定义常规工作流程的任务,而无需C++编程。带有用户界面的自定义 Avizo 模块甚至可以创建为 Tcl 脚本。Avizo 模块行为和 3D 交互可以使用 Tcl 进行定制,Avizo 也可用于批处理。
请参阅“编程和定制”一章,包括对 Tcl 脚本语言的简短介绍。
C++编程:
程序员还可以使用 Avizo 3D Pro 扩展,创建新的自定义组件,例如文件读取器和写入器、计算模块,甚至新的可视化模块,使用 C++ 编程语言。新模块和新数据类可以定义为现有模块和新数据类的子类。为了简化新自定义扩展的创建,包含一个开发向导。
有关详细信息,请参阅用户指南中的“Avizo XPand C++ API”一章。
模板项目:
模板项目可用于简化一组类似数据的重复性任务。模板项目由原始项目的备份组成,该备份可以在相同类型的另一个数据上复制。请参阅“模板项目说明”一章。

使用帮助

1、加载数据
通常,启动 Avizo 后您要做的第一件事就是加载数据集。让我们看看如何做到这一点:
从“文件”菜单中选择“打开数据...”。
选择此菜单项后,将显示文件对话框。默认情况下,该对话框显示环境变量中定义的目录的内容AVIZO_DATADIR
如果不存在此类变量,则显示 Avizo 演示数据目录的内容。您可以使用位于对话框窗口上部的目录列表快速切换到其他目录,例如,切换到当前工作目录。
“项目视图”的顶部是一个“打开数据”按钮,它是“文件/打开数据”对话框的快捷方式。您可以在下面的教程中使用它来打开数据文件。但是,教程将指导您使用“文件/打开数据”命令。

可以使用文件浏览器将数据集加载到 Avizo 中。在大多数情况下,文件格式可以自动确定。这是通过分析文件头或文件名后缀来完成的。
Avizo 能够通过分析文件头或文件名后缀自动确定多种文件格式。特定文件的格式将打印在文件名旁边的文件对话框中。
现在,我们想从 Avizo 发行版中包含的演示数据目录之一加载一个标量字段。
切换到目录数据/教程,选择文件 chocolate-bar.am,然后按打开。
数据将被加载到系统中。根据其大小,这可能需要几秒钟。该文件存储在Avizo的本机Avizo格式。该文件 chocolate-bar.am 包含巧克力棒的3D图像数据。数据表示跨 3D 体积的一系列并行 2D 图像切片。加载后,数据集在“项目视图”中显示为绿色图标。在下文中,我们将该数据集称为“巧克力棒数据集”。
用鼠标左键单击绿色数据图标以将其选中。

数据对象在“项目视图”中由绿色图标表示。选择图标后,有关数据集的信息(例如其大小或坐标类型)将显示在“属性区域”中。
这会导致有关数据记录的一些信息显示在属性区域中(图 5)。在我们的例子中,我们可以读取数据集的维度、原始数据类型、坐标类型以及体素大小。要取消选择该图标,请单击“项目视图”窗口中的空白区域。您也可以用鼠标左键选择图标并在项目视图中拖动它。
单击对象通常会导致在项目视图顶部的按钮区域中显示其他按钮。这些按钮是方便的按钮,允许轻松一键访问所选对象最常用的模块。但是,这些教程将让您通过菜单界面访问模块,以帮助您熟悉 Avizo 中模块的组织。
2、调用编辑器
选择对象后,除了文本信息外,数据对象名称最右侧的“属性区域”中还会显示一些按钮。这些按钮表示编辑器,可用于以某种方式交互式操作数据对象。例如,所有数据对象都提供数据参数编辑器。此编辑器可用于编辑与数据集关联的任意属性,例如文件名、原始大小或边界框。另一个例子是转换编辑器,它可用于在世界坐标中平移或旋转数据。但是,在这一点上,我们不想详细介绍。我们只想学习如何创建和删除编辑器:
通过单击编辑器图标调用其中一个编辑器。
通过再次单击编辑器图标关闭编辑器。
3、可视化数据
像巧克力棒数据这样的数据对象可以通过附加显示模块来可视化。项目视图中的每个图标都提供了一个弹出菜单,可以从中选择匹配的模块,即可以对这种特定类型的数据进行操作的模块。激活弹出菜单
右键单击绿色数据图标。选择名为“边界框”的条目。

要将模块附加到数据集,请使用鼠标右键单击绿色图标。将出现一个弹出菜单,其中包含可用于处理此特定类型数据的所有模块。
释放鼠标按钮后,将创建一个新的边界框模块,并自动连接到数据对象。“边界框”对象在“项目视图”中由黄色图标表示,连接由连接图标的灰线指示。同时,边界框模块生成的图形输出在 3D 查看器中变得可见。由于输出不是很有趣,在这种情况下,我们将第二个显示模块连接到数据集:
从巧克力棒数据集的弹出菜单中选择名为“正交切片”的条目。
现在,查看器窗口中显示了通过巧克力棒的 2D 切片。最初,将显示垂直于 z 方向并在图像体积内居中的切片。切片编号为 0、1、2,依此类推。切片编号和方向是正交切片模块的参数。要更改这些参数,必须选择模块。至于绿色数据图标,这是通过单击带有鼠标左键的正交切片图标来完成的。顺便说一下,与边界框相反,正交切片图标是橙色的,表示此模块可用于裁剪。
选择正交切片模块。
现在,您应该在“属性区域”中看到按行排序的各种按钮和滑块。每行代表一个端口,允许您调整一个特定的控制参数。通常,端口的名称打印在行的开头。例如,标记为“切片编号”的端口允许您通过滑块更改切片编号。
使用“切片编号”端口选择不同的切片。
默认情况下,正交切片显示具有 xy 方向的切片,即垂直于 z 方向的切片。但是,该模块也可以从垂直于 x 和 y 方向的图像体积中提取切片。

可视化结果显示在 3D 查看器窗口中。选择模块后,模块的参数或端口将显示在“属性”区域中。
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