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分子操作环境 Molecular Operating Environment (MOE) 2022.02

  • 软件大小:未知
  • 更新日期:2023-05-24
  • 官方网站:https://www.chemcomp.com/
  • 软件等级:★★★☆☆
  • 运行环境:Winxp/Win7/Win8/Win10
分子操作环境 Molecular Operating Environment (MOE) 2022.02
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Molecular Operating Environment (MOE) 2022破解版是功能强大的化学计算集团的分子操作环境!使用将为用户带来简单快速的交互式化学计算和分子建模解决方案,软件具有广泛的科学应用基础!使用软件,您可以快速的完成可视化、建模、模拟和方法开发等操作,新版本包括    计算和分析pH依赖的蛋白质特性、MOEsaic会话共享和项目定制、从NMR NOE数据确定构象总体、通过AMBER热力学积分预测相对结合能等新的功能特色!具有综合发现平台、小分子肽生物制剂、多平台支持等优势!不管是生物学家、药物化学家还是计算化学家都可以使用它来快速进行制药、生物技术和学术研究项目,本次带来破解版下载,含破解文件,有需要的朋友不要错过了!

安装破解教程

1、在本站下载并解压,如图所示

2、安装程序,勾选我接受许可证协议条款

3、安装目录

4、选择license.dat

5、安装完成,不要启动,将破解的moe.exe、moebatch.exe复制到安装目录中,替换(C:\Program Files\moe2022\bin-win64)

6、检查 license.dat 是否在这个路径上:C:\Program Files\moe2022 如果不是,从破解文件夹复制粘贴它!!

新功能

1、新的! GPU 信息。 教育部 | 帮助 | GPU 信息打开新的 GPU 信息面板,报告将使用哪个 GPU 设备(默认设备)进行 GPU 计算。显示 GPU 驱动程序和计算能力版本,以及内存、时钟速度、多处理器数量、CUDA 内核数量和 GPU UUID。还指出了与 MOE GPU 加速应用程序的兼容性。
2、碳水化合物检测和描述。添加了对碳水化合物检测和显示的支持。
聚糖 ( SNFG ) 表示的符号命名法。 可以使用 SNFG 符号描述检测到的碳水化合物。
更新了 carbo.mdb。 $MOE/lib/carbo.mdb 已更新以涵盖 SNFG 命名法中的所有碳水化合物。
碳水化合物生成器。碳水化合物生成器(MOE | 编辑 | 构建 | 碳水化合物)已更新如下:
已添加 SNFG 符号显示。
碳水化合物生成器现在可连接/可拆卸。
3、数据库查看器显示。数据库查看器具有新的分子显示功能,还支持图形对象的显示。
显示 | 分子 菜单面板。显示器| 分子菜单已替换为可以设置分子、氢和标签显示模式的面板。
碳水化合物分子展示。添加了碳水化合物显示模式,其中碳水化合物会自动检测并使用 SNFG 符号显示。
仅序列分子显示。添加了仅序列显示模式,其中蛋白质和核酸以 FASTA 格式显示为序列数据。
极地氢显示。仅显示极性氢的选项。
手性显示。可选择显示带有键楔和手性标签的原子立体化学;仅在以 2D 显示分子时适用。
分子名称。现在默认启用分子名称的显示。
每个字段的统一视图。现在从DBV |启用统一视图模式。分子字段弹出 菜单,仅适用于当前字段;该选项仅在 3D 显示模式下可用。
显示图像和图形对象。包含编码为字符串的 PNG 图像或 MOE 图形对象 (grob) 数据的字符字段将自动显示 grob/png 图像。
缩放和翻译。2D、碳水化合物、grob 和 PNG 图像可以使用 Ctrl+Middle-drag 进行缩放,并使用 Middle-drag 进行平移。
4、数据库查看器查找。DBV 搜索功能增强如下:
单个查询中的多个搜索条件。现在可以在同一查询行中指定多个数字和文本搜索(例如>10 <30 );这在搜索所有字段、数字字段或文本字段时很有用。
用于组合搜索条件的 And 和 Or 模式。当单个搜索行中存在多个条件时,And 要求满足所有条件才能成功匹配,而Or只需要满足一个条件。
搜索数值向量。对于包含数值向量的数据库单元格,只要在 And 或 Or 模式下匹配单元格中的一个值,就可以成功搜索。
通配符文本搜索现在是可选的。在文本字段搜索中使用通配符现在是可选的。匹配选项已更新为:
部分。启用后,将执行精确的子字符串匹配。
通配符。启用后,将使用findmatch语法解释搜索文本以执行搜索。禁用时,特殊字符(例如 * 或 [ )不会被视为通配符。
案例。启用后,搜索区分大小写。
5、数据库查看器图。数据库查看器图现在是一个 SVL 面板,并具有以下新功能。
指定绘图类型。绘图类型——数据图(对应于以前的默认绘图类型)、 相关图、场直方图——现在在使用 DBV |打开绘图时指定。页脚 | 情节。
附加/分离功能。DBV 图现在可以分离和重新连接。
多个地块。由于可以分离 DBV 图,因此现在支持多个图。
缩放和翻译。滚轮可用于缩放绘图显示,中键可用于在 X 和 Y 方向移动显示。
取消选择。Ctrl-单击将取消选择一个绘图点。Shift-drag 扫出一个与当前选择进行“与”运算的选择矩形;即,所得到的选择将是已经选择的点并且落在Shift-selection 区域中。
6、绘制选定的字段。DBV中的新选项 | Plot Popup重置绘图以显示数据库查看器中当前选定字段中的数据。
对数刻度。在剧情中 | 弹出 | 设置面板,比例 | 对数是在数据轴上打开对数缩放的新选项;即数据图中的 Y 轴,以及相关图中的 X 轴和 Y 轴。
bubbleHelp 中的配体描述。除了显示在图中的字段值之外,绘图点上的气泡帮助现在还显示配体描述。
双击滚动到条目。双击一个绘图点将滚动条目显示以显示相应的条目。
7、 数据库查看器打印。Database Viewer 打印工具提供以下更新:
支持混合 PNG、图形对象、碳水化合物、2D 和 3D 显示。双击包含图像或图形对象的单元格将打开“导出图像”面板。
滚动条添加到打印预览。
摩尔风格。使用(SNFG)表示显示碳水化合物的新选项;非碳水化合物将以 2D 模式显示。
使用现有的 2D 坐标。新选项;仅当数据库单元包含预先计算的 2D 坐标时才启用。
显示手性。启用时使用键楔和手性标签显示原子立体化学的新选项;仅在以 2D 显示分子时适用。
显示所有氢。在显示的原子上显示所有氢的新选项。
不要给杂原子着色。重铸以前的“彩色热原子”。默认情况下禁用该选项。
8、数据库查看器分子名称。数据库分子命名选项已添加如下:
自动命名选项。数据库分子名称现在可以自动设置为链名称、 链标签或自动 (使用第一个非空链标签,否则使用链名称)。
在数据库中创建分子时设置数据库分子名称的选项已添加到新数据库、添加条目和从 MOE 面板复制分子。
分子名称。DBV | 计算 | 分子 | 分子名称 面板已更新如下:
从分子中提取有一个新的链标签选项。
Store In Molecule更新了新的 Tag和Name选项,一个用于指定 Concatenate to existing name选项的名称后缀的文本字段,以及一个新的Use Field Precision选项,用于在从数值字段。
9、数据库查看器着色。数据库查看器字段着色面板已增强如下:
流线型布局。面板设计经过简化,易于使用。
DBV 菜单面板。字段着色面板现在直接在菜单中打开,但可以作为独立面板分离。
多箱范围规范。新的 bin 着色模式具有可配置数量的 bin,由范围的两个端点和每个 bin 的中点值指定。值落在给定 bin 中的数据库单元格由 bin 颜色着色;即没有梯度。值超出 bin 范围的单元格不着色。
渐变和对数渐变着色。以前的范围/斜坡功能已更新为使用可配置数量的 bin,类似于多 bin 范围规范。每个 bin 在 bin 中点分配一个颜色,并且对范围内的颜色进行插值。范围之外的值被分配端点的颜色。
自动范围设置。通过按下刷新按钮,可以从当前数据库字段值中自动检测范围和梯度规范的端点。
撤消。用于撤消上一次着色操作的新按钮。
自定义. 用于以自定义名称保存当前颜色规则或加载已保存规则的新按钮。
非空单元格的颜色规则。 非空已添加到单元格着色选项中,以将着色规范应用于非空单元格。
控制 DBV 文本着色的新选项已添加到“配置选项”面板的“数据库查看器”页面。 在深色背景上反转文本颜色,启用后,当单元格具有深色背景颜色时,反转文本/前景色。当字段着色使单元格背景变暗时,这可能会使文本更具可读性。
10、数据库浏览器。数据库浏览器已更新如下:
碳水化合物显示已添加为新的 2D 模式。
Dock 浏览器中添加了 新的Pocket选项:
袖珍视图。启用选项启用/禁用口袋视图。禁用时,浏览的受体结构被隐藏并变为惰性。
受体碳着色。一个复选框现在启用/禁用受体的碳原子着色。默认颜色为深绿色。
配体渲染样式。新的配体渲染选项允许为配体着色(默认为亮绿色)并更改原子/键显示模式。复选框启用/禁用配体原子渲染。仍然可以使用MOE |更改配体渲染。页脚渲染控件。
浏览结构的单独标签。被浏览的结构现在被分配了他们自己的标签,这是以“浏览器”为后缀的原始标签。当一个结构被保留(Keep | Receptor或Ligand)时,标签恢复到原来的状态。
浏览原子集。 已浏览的结构现在已添加到“浏览器原子”集中
RC 变量。RC 变量dbbrowse.tag.suffix 和dbbrowse.tag.suffix.dbbrowse_Dock控制用于浏览结构标记的后缀。
11、数据库计算器。已添加选项Use 0 for Empty Cells以将空单元格视为 0 进行逐行操作。
12、数据库菜单。用于编辑和选择的数据库查看器菜单已更新如下:
菜单 菜单项 描述
DBV | 编辑 选择字段 用于打开“选择字段”提示器的新菜单项。
DBV | 字段弹出 选择字段 更新。现在可以在同一行中指定多个字段名称;使用单引号将包含空格的字段名称括起来。一个新的应用按钮,或等效的 Shift-Return,在保持提示打开的同时执行搜索。
DBV | 字段弹出 | 选择条目 数字
不是数字 字符字段的新选项选择包含或不包含表示数值的文本的条目。
DBV | 字段弹出 | 选择条目 第一次出现 重命名菜单项“唯一”。
DBV | 字段弹出 清除所选 新选项可在确认后删除当前字段中选定条目的单元格内容。
DBV | 字段弹出 编辑所选 新的菜单选项,用于为当前字段中选定条目的单元格打开编辑提示器。
DBV | 分子字段弹出窗口 转换为序列 为“moe”和“分子”字段添加了新选项,通过删除所有原子信息将分子转换为仅序列。
DBV | 编辑 新条目 当系统中有选中的原子时, Add Entry 面板中的Selection 将自动设置为 Selected Atoms(否则将设置为Ignore)。
13、情节。
相关图。新的回归线模式已添加到数据库查看器相关图中。
Quadratic、Logarithmic、Exponential和 Power回归线现在可用。
新的自动选项选择最适合数据的回归线类型。
相关图现在支持绘制第三个和第四个数据字段,第三个数据字段使用颜色范围显示,第四个数据字段使用数据点大小显示。
二面等值线图。 二面等值线图已更新。请注意,它在菜单中的位置已更改为 MOE | 计算 | 构象 | 二面等值线图。
当前角度标记。一组十字准线现在显示在图中,指示当前的二面角值。
从绘图设置二面角。在绘图中单击将在 MOE 中设置分子中的二面角。
预设二面角。在启动应用程序之前,可以通过在 MOE 系统中选择两个键来预先指定二面角。
3D 窗口中的二面角计。在 MOE 3D 绘图区域中的分子上显示二面角计,以显示正在探索的二面角。
二面角。新按钮允许重新定义二面角并更新绘图。
更新。用于重新计算绘图的新按钮。
出口。用于打开“导出”面板的新按钮。
14、图形对象导出。通过Print | 导出图形对象 导出页面已通过以下功能得到增强:
复制到剪贴板。
剪贴板 PNG已添加格式选项。剪贴板内容可以粘贴到数据库查看器字符字段单元格中,其中将自动显示 grob。使用 MOE 放置在剪贴板上的 PNG 图像 | 页脚 | | 复制图片也可以粘贴到数据库查看器中。
剪贴板 GROB已添加到格式选项中,当按下 OK 时,会将编码为字符串的 grob 放到剪贴板上。剪贴板内容可以粘贴到数据库查看器字符字段单元格中,其中将自动显示 grob。
背景透明度。透明背景用方格背景表示。新的背景 选项在启用时允许指定不透明的彩色背景(默认为白色)。
每个 grob 设置。如果有多个 grobs,可以单独配置设置。
15、文件格式。 添加了对以下文件格式的支持:
SDF V3000 增强立体化学。添加了对 V3000 的支持,该支持允许指定部分和混合立体化学以及立体基团。立体化学基团类型有:
V3000 立体化学
绝对(ABS)。绝对构型是已知的。
相对 (OR)。一组立体中心之间的相对配置是已知的,但绝对配置是未知的。因此,该结构代表单一立体异构体。
外消旋(AND)。立体异构体的混合物:一对对映异构体或所有非对映异构体的集合。
V3000 立体声编码支持如下:
增强的 SMILES 立体声注释对 V3000 立体声进行编码。V3000 立体声音集具有编号 ID,由“@”后跟数字表示,特殊情况下“@”和“@@”分别用于第 1 和第 2 组。
MOE mdb 分子格式已得到增强,可对 V3000 立体声进行编码。
用于大型 PDB 文件的 Hybrid-36 格式。现在支持用于扩展残基 UID 和原子序列号超出默认 PDB 格式所施加的 5 位限制的 base 36 系统。该系统向后兼容标准 PDB 编号。
RCSB 搜索 API v2。MOE 已迁移到使用 2022 年 4 月 13 日发布的 RCSB PDB 搜索 API 的第 2 版。
教育部项目中的 mmCIF。MOE 项目数据库现在直接支持使用 mmCIF 文件。RCSB mmCIF 发行版现在是项目数据库和项目数据库更新应用程序的主要数据源,如果 CIF 文件不可用,则可以回退到 PDB 文件。
PDB 琥珀色 22。AMBER22 选项已添加到 文件 | 保存 | 蛋白质数据库在写出 PDB 文件时使用新的 AMBER ACE/NME 原子命名方案。
PRMTOP OBC。 文件 | 保存 | AMBER 拓扑文件现在将 OBC (igb5) 隐式溶剂参数写入 AMBER PRMTOP 文件。
16、应用中的电子密度。DSN6 地图和 CIF 结构因子支持已添加到 Energy Minimize 和 Dock。
17、二维叠加。教育部| 页脚 | 2D 叠加已更新如下:
标签名称已添加到显示中。
现在显示了附着点和 R 组。
到达最后一个或第一个结构时,下一个和上一个按钮将换行。
18、质子3d . 添加了对 U(尿嘧啶)的支持。
19、扭转剖面。添加了一个新的计算费用选项。
20、小部件。 对组成面板的小部件进行了以下更新。
范围滑块。这个新的小部件提供了一个双拇指滑块,表示具有开始和停止值的值范围。
在拇指之间单击拖动将导致两个拇指被拖动,从而保持它们之间的相对分离。
鼠标滚轮或左键单击范围区域的左侧或右侧将两个拇指移动一个滑块单位。
中键单击移动两个拇指,尝试将单击点定位在范围的中间。
使用 Ctrl 键修改鼠标单击会自行移动最近的拇指。
“滑块值”。启用后,在缩略图附近显示与缩略图关联的值。将鼠标悬停在值上时,左键单击将打开一个文本字段,在其中明确设置值。
Z 剪辑 ( MOE | Footer | ZClip ) 现在使用范围滑块进行分子和表面剪辑。
滑块。
'滚动条'。sliderStyle的这个新值 以滚动条的样式显示滑块。
“滑块值”。启用后,在拇指附近显示与拇指关联的值。将鼠标悬停在值上时,左键单击将打开一个文本字段,在其中明确设置值。
绘图小部件。SVL 绘图小部件已更新:
线条和标记样式。添加了新的线条(solid-light、 'dashed-light'、'dotted-light')和标记('round-dot'、'fine-cross')样式。
3D 和 4D 散点图。散点图现在可以显示 3 维或 4 维序列数据。3d 维度使用色带来限定绘图点,第 4 维度使用大小。在 Plot Attributes 弹出面板中,Z 轴表示第 3 维(如果使用),W 轴表示第 4 维(如果使用)。和
对数显示。轴选项卡上的绘图属性面板/弹出窗口中添加了对数显示模式选项。
21、PSILO 查询。教育部PSILO页面| 文件 | 已更新开放面板以包含数据库作为标识符,与新的 PSILO 联合数据库框架兼容。查询的结果是数据库内容的列表。
22、第三方软件。 MOE 2022.02 支持:
高斯 g16 c.01
MOPAC2016
NAMD 2.14
23、教育部菜单。 对 MOE 菜单进行了以下更改。
姓名 菜单项 描述
教育部 | 文件 | 新的 组合图书馆(教育部/网络) 在默认浏览器的新选项卡中启动 MOE Web 应用程序组合库枚举。
教育部 | 右轴 | 约束 约束
清除 打开约束提示器。
清除与当前选定原子相关的约束。
教育部 | 计算 | 构象 二面等值线图 启动更新的二面轮廓图应用程序。此菜单项以前位于 MOE | 计算 | 模拟。
教育部 | 帮助 显卡信息 打开新的 GPU 信息面板。

功能特色

1、3D分子可视化
易于使用的图形界面
活动站点检测和分析
分子表面和电子密度
可视化非绑定交互
出版物质量的图像和电影
GPU加速3D立体图形
混合虚拟现实和3D打印
2、基于结构的设计
配体设计的简化界面
活动站点检测和分析
口袋中的交互式配体设计
蛋白质-配体相互作用图
预测水位和能量
诱导对接
链接,增长和替换片段
3、抗体与生物制剂设计
基于结构的蛋白质工程
评估负债和可开发性
优化亲和力,稳定性和溶解度
高通量抗体建模
生成虚拟库
蛋白质对接和表位作图
ADC和融合蛋白模型
4、MOEsaic-SAR浏览器
SAR和SPR可视化
配体分析
匹配分子对
R组分析和分析
子结构和相似性搜索
设计新颖的虚拟化合物
文档提示和注释
5、基于配体的设计
构象生成和聚类
对齐并叠加小分子
MOEsaic用于SAR探索
药理学说明和筛选
生成QSAR模型-MOE描述符
扭转轮廓分析
组合库枚举
6、蛋白质,DNA / RNA建模
可视化蛋白质,补丁和界面
根据序列预测3D蛋白质结构
建立DNA / RNA模型
探索变异和旋转
分子动力学模拟
循环/链接器搜索和采样
蛋白质对接
7、虚拟放映
3D药理学筛选
形状和特征约束
小分子对接
2D和3D指纹筛选
支架和碎片更换
构型数据库
基于反应的库设计
8、基于片段的发现
脚手架跳跃
片段链接和增长
药物化学转化
组合库枚举
多片段搜索
配体杂交(BREED)
自定义片段库
9、结构生物信息学
多重序列和结构比对
将3D属性注释到序列上
创建和搜索蛋白质家族数据库
矿山结构数据
分析保守残基
生成集群的系统树
抗体和TCR结构数据库
10、分子模拟
分子力学与动力学
自动化结构准备
自由能计算
多个分子的灵活排列
构象分析– LowModeMD
扭转扫描与分析
基于QM的NMR,IR和VCD光谱
11、肽建模
大环肽和线性肽
识别肽-蛋白质联系人
构象搜索
枚举非天然肽库
基于结构的肽设计
优化肽质
肽对接
12、结构生物学
绘制电子密度和差异图
显示晶格和触点
水位预测
电子密度引导对接
创建比对的蛋白质家族数据库
分子置换的同源性建模
蛋白质结构健康检查
13、化学信息学和QSAR
400+ 2D和3D分子描述符
pKa预测和启动子生成
线性QSAR / QSPR
贝叶斯分类/机器学习
MOEsaic –匹配分子对
重点组合图书馆设计
化学相似性,多样性和聚类
14、定制和部署
笔记本电脑–集群–云–管道
Windows – Linux – macOS
集成编程环境(SVL)
第三方软件集成
自定义应用程序和用户配置文件
网络集成,网络服务,API
远程控制的HTTP侦听器
15、PSILO®-结构数据库
符合RCSB的存储库
浏览器界面– 3D可视化
自动化项目数据库管理
3D互动搜索和统计
口袋相似度搜寻
蛋白质结构比对
标准IT基础架构
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