AliView是一个简单好用的直观的编辑器，使用旨在为用户提供更快更直观的编辑功能和操作，渲染的速度非常给力，甚至可以在旧硬件上处理大型对齐。不仅能够处理小型数据集，也支持从大型转录组数据集中轻松排序、查看、删除、编辑和合并序列的需求启动了程序的设计。
安装说明
1、下载并解压，安装程序，设置安装位置
2、安装完成，退出向导
功能特色
1、快速轻便
2、简单导航，鼠标滚轮无限放大以查看整个路线，并放大感兴趣的地方
3、各种视觉提示，以突出一致字符或偏离一致字符的字符或偏离选定“轨迹”序列的字符
4、编辑序列/对齐（手动）、插入、删除、更改、移动、重命名（使用键盘或鼠标）
5、使用MUCLE（包括在内）、MAFFT或您选择的任何其他对齐器自动对齐、添加和对齐
6、定义对准器程序预设（不同参数、不同软件）
7、将新序列与现有序列对齐或全部重新对齐
8、重新对齐选定的块
9、将核苷酸重新排列为翻译的氨基酸
10、删除垂直间隙
11、撤消/重做
12、在混合物种排列中的保守区域中寻找简并引物
13、以FASTA-、NEXUS-、PHYLIP、CLUSTAL或MSF格式打开并保存（文件大小不受限制）
14、打印（当前视图）
15、将整个路线导出为图像文件（png格式）
16、复制选择（作为fasta序列或仅作为字符）
17、粘贴序列（作为剪贴板中的序列或剪贴板中的文件名）
18、从文件中添加更多序列
19、如果重叠不是完全的，则合并两个序列并计算一致性
20、将核苷酸序列翻译成氨基酸序列
21、保存平移对齐
22、读取并保存Codonpos、Charset和Excludes（Nexus规范）
23、更改选定区域的Codonpos（Nexus规范）
24、拖放/删除序列/文件
25、使用键笔划将序列移动到顶部/底部
26、一个非常简单的“外部接口”，可以让你调用其他喜欢的程序（例如，你可以自动将对齐发送到FastTree，然后在FigTree中自动打开）
27、搜索功能，可跨间隙查找模式并遵循IUPAC代码
28、一次搜索多个序列名（存储在剪贴板中）
29、反向互补/反向/互补序列或全比对
30、不同的配色方案，包括ClustalX
31、按名称排序
32、按所选列中的残数排序
使用说明
1、“文件”菜单：
打开文件：AliView将打开Fasta、Fastq、Nexus、Phylip、Clustal和MSF格式的文件。
另存为Nexus简化名称：序列名称中的非正统字符（-？./|，&）替换为“_”
保存为Codonpos Nexus（仅限核苷酸数据集）：所有pos-1核苷酸在比对开始时保存为一个字符集，之后所有pos-2核苷酸保存为一个子字符集，然后所有pos-3，最后所有非编码（0-pos）。
打印：除了打印到纸张上，通常还可以在设置中“打印到文件”，这样就可以获得后期脚本（ps）文件的对齐方式。
将路线导出为图像：这将把整个路线保存为.png图像文件
将所选内容另存为Fasta：只有选定的序列或序列的选定部分才会包含在.Fasta文件中，这是一种非常简单的方法，可以从对齐中删除内容。
将翻译后的比对保存为氨基酸（仅限核苷酸数据集）：程序将核苷酸翻译为氨基酸（翻译时考虑用户指定的密码子位置编辑）
开始调试：打印更多消息
显示消息日志：在消息窗口中显示程序消息和错误
2、编辑
当打开非常大的文件并对其进行索引时，编辑功能非常有限，但如果您需要编辑，如果您增加AliViev的内存资源，则可能会进行编辑，请参阅此处。
撤消/重做：AliView具有撤消/重做功能（从文件中读取大型索引文件时除外）。根据“内存”设置，可能的撤消/重做步骤数会发生变化。
将所选内容复制为Fasta：所选序列/字符将作为Fasta序列（包括名称和序列）复制到剪贴板中。
将所选内容复制为字符：所选序列/字符仅作为字符复制到剪贴板中不包括字符来源的序列名称。
粘贴（fasta序列）：如果剪贴板包含包含fasta序列的文件或fasta格式的文本，则序列将粘贴在对齐的顶部，例如：
>Name_of_seq
TTGGGCATG
从文件添加序列：从要粘贴在对齐顶部的文件添加序列（FASTA、PHYLIP、NEXUS、CLUSTAL或MSF文件格式）。
编辑模式：除非激活“编辑模式”，否则不可能意外编辑路线。
清除选定的碱基：将选定的核苷酸/氨基酸更改为GAP。
删除选定的从比对中删除选定的序列/核苷酸/氨基酸。
删除选定的碱基：从序列/比对中删除选定的核苷酸/氨基酸。
删除垂直间隙：如果路线中有仅包含GAP的列，则删除这些位置。
删除所有序列中的所有间隙：取消对整个路线的标注。
修剪顺序/对齐：如果对齐的开始或结束处有仅包含GAP的列，则删除这些位置。
如果您与不想永久删除的部分对齐，排除（Nexus规范）可能会很有用，但有时在进行分析时也是如此。然后，可以保存删除了“排除”部分的路线，并将该路线用于分析。
删除排除的基准：删除路线中标记为“排除”的部分（Nexus规范）。另请参见上文。
将终端GAP替换为缺失的字符（？）
将缺失的字符（？）替换为GAP（-）
查找在名称或核苷酸/氨基酸中查找-在间隙中搜索并遵守IUPAC代码。
从剪贴板中查找序列名称查找并选择作为列表存储在剪贴板中的序列匹配名称。
剪贴板中的示例列表：
Woodsia
Athyrium
Dryopteris
合并两个选定的序列：如果存在不相同的重叠，AliView将创建一个一致序列。
反转补码剪贴板：将反转存储在剪贴板中的补码字符/fasta序列。
