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在ChemDraw Professional 16的功能基础上，ChemOffice Professional 16功能全面升级。
包含ChemDraw Professional 16的所有功能并融合Chem3D 和ChemFinder Ultra。
ChemOffice Professional 16可以预测化合物属性、光谱数据、IUPAC命名以及计算反应计量。
可以为结构增加热点链接，提供丰富的化学结构分析工具，ActiveX插件允许在线查询化学数据库和出版的结构。
新增手写工具，文本工具以及质粒映射工具，Chemscript功能允许科学家在批量处理多个化学结构的计算或其他操作。
融合桌面分子模型和最先进的蛋白质可视化效果，显示详细的3D蛋白质配体配合物与DNA结构。
更新MOPAC 2012、GAMESS、Gaussian、Autodock和CONFLEX 接口，Bioviz提供数据可视化方面的工具。
与ChemFinder搭配使用，允许用户探究与化学结构相关的生物活性。
通过AirWatch移动应用管理，ChemOffice Professional 16可以提供ChemDraw的ipad版本，CDSL包含额外的特性和功能。
